本纪共24卷，就卷数而言，《明史》本纪不到全书的十分之一，如果以字数而言，则不到全书的二十五分之一。可以看出，本纪在《明史》中所占比例很小，这是《明史》编纂风格的一个特点。在纪传体史书中，本纪是以编年的形式叙述历史的一部分。《明史》显然把这一纪作为整个历史的大纲，以一种简洁而简洁的方式在整本书之前列出。当人们阅读这本史书时，他们首先了解明代历史的概况，而不是让人们在阅读本纪时仔细了解一切。这应该算是《明史》整体设计的独特之处。
《明史》本纪的另一个特点是尊重历史事实，而不是以明朝官方的历史理论为基础。如建文帝年号于成祖夺位后被拆除，其四年实录仅为元、二、三、洪武三十五年，附于明太祖实录。《恭闵帝纪》一卷在《明史》中专立，非常得体。再比如英宗削景泰帝号，情况类似于建文事，《明史》也处理得当。清朝历史学家钱大新曾经说过：“其例有创前史所未有者。例如，《英宗实录》附景泰七年事，称为Xi暴王，而削其庙号，此时史臣曲笔。今分英宗为前后两纪，而列景帝纪于中，考虑最为完美。“(钱大昕:《十驾斋养新录》卷九)明洪武中易文王子朱彪因早逝未能继位。建文元年(1399)追尊为孝康皇帝，庙号兴宗。成祖夺位后，废其帝号庙号，复称懿文太子。虽然曾经有帝号，但没有改元登极，所以不入本纪，而是入列传，但曾经有帝号，也是历史事实，与众传不同，特别是后妃传后，诸王传前立传。同列者，还有嘉靖皇帝之父，兴献王朱佑。嘉靖中兴大礼议，特尊其父为瑞宗兴献皇帝，也属于唯一的皇帝。《明史》本纪不列兴宗、瑞宗，与其以本纪为叙述有明一代历史的大纲有关。光宗位于万历四十八年(1620)八月初一，同年九月初一死亡，在位仅一个月，不及改元，因此定于年八月后为泰昌元年。《光宗本纪》附于《神宗本纪》之后，没有单卷，只有几百字，不失为大纲之作。
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虽然《明史》本纪以时间长短为基础，分卷记史，但并不拘泥于此。由于开国之君，太祖在位三十一年，本纪占三卷。成祖在位二十二年，本纪占三卷，虽然可以说因其夺位而登极，事属特殊，但已有轻重之分。由于前后各有年号，英宗二卷也可以占二卷，世宗四十五年，神宗四十八年，庄烈帝十七年，也可以占二卷。可见众人修史，颇以史事轻重叙述，符合其立纲之体。总的来说，《明史》这一纪，分帝而述，编年记事，不失为一个整体，笔墨虽少，却完全清晰，重量适中。清初政治形势决定了《明史》本纪令人遗憾的一点是，南明诸帝没有立纪。清朝官修史书，不但不能给南明诸帝立纪，甚至在列传中也不能立传。清初私人修史，妄谈此事，难免会造成“文字狱”的灾难。
明史中本纪的独特之处：第一次成为第二个重要组成部分