《水经注》完成于1400多年前，当时雕板印刷还没有出现，所有书籍的传播都是通过传抄来实现的，《水经注》也不例外。
钞本及流传
《水经》写完后不久，道元就被杀了。当时，这部作品中有几种纸币，这是未知的。隋统一全国，整理国家藏书。《隋书·经典》记录了《水经》一书中的纸币，纸币数量为40。这是一本完整的书。这也是我们所知道的最早的《水经》纸币。
唐代取代隋朝后，《水经注》成为唐代的国家藏书，《旧唐书经》和《新唐书经》被记录为40卷。从唐朝五代到北宋初，《水经注》的钞本仍然是足本，代代相传，作为历代的国家藏书。(国家藏足本)
北宋景佑年间(1034-1038)，崇文院(北宋朝廷藏书库)整理藏书，编制《崇文总目》，《水经笔记》录入35卷。从此，北宋以前的一些类书和地理书籍引用的《水经笔记》中的泾水、沱沱水、(北)洛水等文章就消失了。(国家藏残本)
其实《水经注》的钞本并不是历代朝廷所独有的，也是民间流传的。我们不知道隋朝以后是否从朝代流落民间；不确定是足本还是残本。可以肯定的是，唐末，《水经注》已经被普通知识分子看到。唐代诗人陆龟蒙有一首诗“山经水疏不离身”，说明《水经注》已经有了民间钞本；在北宋，这本书只会在民间传播得更广泛。苏东坡的《石钟山记》中有一篇文章“李元以为自己下了深潭……”，引用了一整段《水经注》。然而，这些钞票早已消失了。从宋代钞本中钞票的笔记本，也从未听说过。元代没有钞本流传。(民间钞票)
在明代汇编的《永乐大典》中，《水经注》被钞票记录下来，这张钞票一直流传下来，我们称之为“永乐大典本”。这是现存最早的《水经注》钞本，我们都知道。除了“永乐大典本”，明代还有一些李学家的私人钞本。刘大中的影宋校本和赵琦美的三校本都比较有名，后来都失传了。现存的明钞有两本，一本是稽瑞楼的藏钞，从宋元的写刊中出来，有清人何焯、顾广岐等校跋，现有的北京图书馆；一个是朱希祖海盐的旧藏，也是宋本的钞票，包括王国维、张炳麟等校跋。此外，天津人民图书馆还隐藏了一本名为“练湖书院钞本”的明钞残本，仅存卷21-24
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清代最著名的《水经注》钞本是天津人民图书馆藏的“小山堂五校钞本”。这是一本完整的清钞书，卷首了“戊午夏黄病翁五校毕志于首”的题词，可见是乾隆三年(1738)年全祖望33岁时的作品。除了正文，还有很多批注，要点与赵一清的《水经注释》相结合，可见是赵一清写的。这张钞本熔二人业绩在一炉，是李学界的宝贵遗产。(清钞本)
刻本及流传
《水经注》出版于北宋中后期。根据已知信息，《水经注》的第一本出版物是成都府学宫刊。出版和印刷时代不得而知，早已消失。第二本出版物在北宋元佑两年（1087年）也消失了。此外，北京图书馆还收藏了一本不完整的南宋出版物，内容不到整本书的三分之一，这是唯一一本现存的宋版《水经注》。
明朝以后，雕刻板印刷技术有了很大的发展，出版了许多出版物。到目前为止，明代出版物包括嘉靖13年（1534年）的黄省出版物，以及万历13年（1585年）年吴关以元佑2年为基础的刻本。最著名的出版物是万历43年（1615年）朱谋伟校勘的《水经注》，这是《水经注》出版物历史上的名本。
在《水经笔记》的基础上，清初许多李学家进一步认真校勘，出现了许多优秀的期刊。特别是乾隆年间李学研究进入全盛时期后，先后出版了两本超越前代的佳本:一是乾隆十九年(1754年)出版的《水经注释》。根据清代著名学者王先谦的评价，这本书是赵一清“多年苦心考试”的杰作。《水经注释》出版后，接着是武英殿聚珍本，即所谓的“殿本”。继殿本之后，出版了全祖望的《七校本水经注》，其基础是一本叫“双韭山房校本”的家传本。《七校本水经注》在他死后的光绪14年(1888年)出版。不幸的是，这本书在印刷前被校勘错误，从而影响了这本书的声誉。
李学史上，《水经注》的最后一本刻本是王先谦的《合校本水经注》，发表于光绪十八年(1892年)。他以殿本为基础，注释了朱谋玮的《水经注》、赵一清的《水经注释》和孙星衍等校本的成果收入，这是一种受欢迎的佳本。
其它版本
清末，18世纪末出现在欧洲的石版印刷被引入中国。此时出现了大量的石印书籍，包括《水经注》。光绪20年(1894年)长沙宝华书局石印的毛巾箱本《合校水经注》，即石印本。
铅印是一种流行的印刷技术。中国在20世纪30年代出版了几本铅印本《水经注》：一个是商务印书馆出版的《四系列杂志》，由殿本排版；一个是中国图书局出版的《四个准备书》，由校本排版。这两本铅印本《水经注》对这本书的流行有很大的影响。
一些普通的原稿和钞票很容易制作成铅印本，但对于一些带有珍贵注释的文本，只有影印。1935年，商务印书馆出版了《永乐大典》和《水经注》，这是历史上第一部影印。《永乐大典》本《水经注》的出版，是中国历史上的一件大事。除此之外，中华人民共和国成立后，中国科学出版社还出版了另一本巨大的《水经注》，这是杨守敬和熊会贞合写的《水经注疏》。遗憾的是，他们的定稿本被盗卖，至今下落不明，只有早年的钞本流传。1957年，中国科学院影印了他们的早期钞票，这是中国出版的第二部《水经注》。1971年，台北中华书局影印出版了他们早年的另一部钞本，这是中国第三部《水经注》。
解密:水经注在中国古代地理学中是如何传播的