晚清皇帝中，同治皇帝的死因一直是历史学界和民间人民饭后津津乐道的话题。同治帝年仅19岁就去世了，据正史记载，他死于天花。但民间传说是同治帝死于微服逛妓院，染上梅毒。通过野史、小说、电影等流行载体，同治死于梅毒的说法在世界上流传，似乎家喻户晓，成为人们饭后的谈资。在历史研究人员中，有人说梅毒是同治死的，但更多的研究人员认为这一疑问应该根据可靠的档案史料来解决。通过对清宫档案史料的分析，他们认定同治确实死于天花，而不是梅毒。双方各执一词，同治死因成为中国近代史上不可解决的谜。同治皇帝死于什么病一直是个疑团。长期以来，不同的说法一直很流行。
说死于淫疮，即花柳病。从同治皇帝的日常行为习惯来看，他很可能会感染梅毒。据《清代外史》记载，同治皇帝选择皇后时，同生母西太后意见分歧。西太后喜欢美丽但轻浮的侍郎凤秀的女儿，但同治皇帝和东太后慈安都喜欢清朝唯一的“蒙古状元”崇琦的女儿阿鲁特。虽然这个女人看起来很普通，但她很端庄，一眼就知道她是一个德国人。不顾母后的反对，同治皇帝选择阿鲁特为皇后，凤秀女只被封为慧妃。慈禧太后一直在担心这一点，甚至没有给予崇绮家“皇亲国戚”特殊待遇。婚后，同治与皇后的“夫妻”更是激起了慈禧太后的不快。
慈禧千方百计离开皇后的关系，派太监阻止皇帝与皇后见面，强迫同治亲近惠妃。此时同治皇帝虽有一妻四妾(惠妃除外还有于妃、金妃、勋妃)，但左右不是，不能自主，所以干脆没人亲近，一年四季独宿乾清宫。乾清宫同治帝独眠难熬，常化装成普通人微行出宫。据说有几个人在肆井里亲眼看到了同治皇帝的行踪。后来，同治皇帝从宫中出现了严重的痤疮。因此，人们有理由怀疑皇帝在微行时可能会去前门外的八条胡同购物，从而感染了梅毒。现在很多涉及这段历史的文学作品都采用了类似的说法。蔡东藩的《清史演义》也持有这种说法。
说死于痈，俗称毒疮。在《越曼堂日记》中，李慈铭说：“同治十三年十二月酉刻，上崩。第一个是十一月朔..上旋患痈，项背均一，脓溃，第十天已屡昏，危不知人。在《清宫遗闻·同治帝之趣》中也说“其病实染毒疮”。查《词典》，又称痈疽，病因与疖子相同。一般来说，它主要是由葡萄球菌侵入毛囊和汗腺周围引起的，但范围很大。就像大多数疖子突然出生在一个地方一样，主要出生在项背和臀部。小人物如栗子，大人物如手掌，疮口多，疼痛异常。这种疾病在开始时，必须迅速就医，迟则容易陷入危险。这个解释更接近李慈铭的记载。
翁同和持有这种说法，说死于天花。他在日记中写道:“11月初二，我进了内务府大臣处...看到御医李德立、庄守和脉说:天花三天，脉细口渴，腰痛耳脓，四天不排便，项颈色滞干艳，证明危险严重，不思食，咽痛作呕。初八，两宫皇太后在御榻上捧烛，让诸臣上前瞻仰。上舒臂令观，微语说：‘谁来这里？伏天，花极」向外，翁同福所说的“天花三日”、“花极密”，都是亲眼所见，其记录应可靠。巧合的是，就在同治皇帝死亡的那个月29日，大公主(慈安太后所生的女儿)也因天花而死亡。可见当时宫内流行的天花确实有其事。
此外，在天花开始时，患者发病非常紧急，通常伴有发烧、脉搏跳动加速反应，梅毒患者不紧急，无发烧症状。同治医疗档案记载，同治发病初期连续发高烧7天，“脉冲和呼吸浮数细，是风瘟病、阴气不足、无法外透的症状，导致发烧、头晕、胸闷、身体酸痛、腿软、皮肤皮疹、有时气堵、抽搐”，以及“喉咙干痛、胸部呕吐、头晕、身体发热”等，这些都是天花的症状。此外，《清朝野史大观》卷一《穆宗微行》一节还说：“皇帝以痘病居然至不起，人们怀疑它是花柳病。也说明同治帝系因天花而死，所谓死于花柳病纯属疑误。
除上述三种说法外，还有一种说法是同治皇帝死于西太后之手。费行简在《慈禧传记·穆宗致命》一节中说:“王庆祺(同治皇帝师傅，昭仁殿行走)被训斥后，他经常说话。穆宗亲政后，太后还是干涉了很多。他要求修园照顾他，意在禁止他，这样他就不会再做政耳了。他被太后感觉到了，导致了奇怪的变化。“从西太后一生专制残酷、凶狠、毒辣，以及光绪皇帝一生的不幸经历来看，这句话似乎是有道理的，但只是附会想象，没有事实依据。从某种程度上说，西太后有可能干涉同治皇帝的行政，所以她似乎不太可能亲自杀死自己的儿子。清代宫廷之事，忌莫如深。到目前为止，同治皇帝死于什么病还有不同的看法，确切的结论还有待后人的进一步研究。
揭秘:为什么同治皇帝只活到19岁 是死于花柳病吗？