车厢峡突围后，李自成的实力大大扩大，他成了高迎祥手下的实力派人物。拥有数万支军队，今年正是河南大旱，大量饥民加入农民军，河南当地农民军总数突破40万。但河南是中原腹地，正好方便明军围困。崇祯立即从东南、西北四个方向向向河南调动了10万军队，再次实施了铁壁合围战略。在明军的持续打击下，各种农民军遭受了重大损失。
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崇祯八年（1635年）5月，各种农民军被集体压制在河南省洛阳市。在严峻的形势下，农民军聚集在河南省荣阳市讨论对策。当他们中的大多数人主张撤出河南北进，甚至有人提出投降时，李自成提出了一项独特的新战略：冲出明军包围的缝隙，南下明朝的中都凤阳。这个疯狂的建议一出口，就几乎被集体反对。只有两个人支持他，一个是他的老上级高迎祥，一个是他的老战友张献忠。结果，当其他农民军或北逃山西，或东进湖广时，高迎祥、李自成和张献忠一起征服了凤阳。他们不仅掠夺了当地，还挖掘了朱元璋的祖坟，烧毁了朱元璋曾经居住的皇觉寺。
崇祯当然很生气，因为这么大的耻辱。愤怒之后，我想起了以前被他“戴罪”的曹文诏。早在明朝军队到来前，挖完朱元璋祖坟的李自成就向北挥手，然后冲进陕西。他身后追赶的是之前无数次陷入死地的曹文诏。李自成一路北上奔跑，从陕西宁州跑到真宁。曹文诏死追不放。为了夺取和消灭李自成的头功，他离开了大军，只带领他的3000名精英追赶他。结果，李自成怀孕了。李自成以3万兵马伏击真宁。付出6000多人伤亡代价后，他终于歼灭了曹文诏部的3000人，全军覆没的曹文诏在李自成的包围下挥剑自杀。将军先打努尔哈赤，再打皇太极。再打李自成，军马半生间，这是他唯一的失败，却要了他的命。
杀死曹文诏是李自成军事生涯的杰作，但此时的农民起义正处于低潮。与李自成分兵后在湖光活动的高迎祥，遇到了另一位主持江北、河南、湖广、四川、山东五省军事的“五省总督”卢象生。
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卢象升手里有一支王牌军—天雄军，他亲自训练，战斗力足以与满清八旗媲美。
“挖祖坟”事件发生后，卢象升先是在勋阳打败了高迎祥，然后连续战斗了十多次，先后对高迎祥和张献忠进行了歼灭性打击。在崇祯八年（1635年）的汝阳战争中，卢象升再次打破了高迎祥，因为他的总兵力只有对手的十分之一，而且没有水和食物。崇祯八年五月至十一月，他在六个月内杀害了高迎祥部3万多人，作为农民军中最强的高迎祥几乎被打残。同时，荣阳大会结束后，山西、陕西、湖广地区的其他农民军大部分被明朝歼灭。高迎祥、张献忠、李自成是整个中原地区的主要农民军。
第二年，即崇祯九年（1636年），农民军的情况越来越糟。首先，高迎祥继续战败，陆象在滁州和七顶山不断受到重创，剩下的10万人几乎被抛光。随后，李自成的下属高杰叛变，投降陕西总督洪承类，随后与洪承类合兵杀害李自成部数万人。
幸运的是，这时，皇太极再次入侵山西，曹文诏牺牲了。崇祯在抵抗皇太极的候选人中圈定了卢象生。因此，高迎祥成功地逃离了湖广，开始了他最后的努力——北上与李自成会合。但在这个时候，明朝为他准备了一个新的陷阱。
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今年7月，高迎祥从汉中进入陕西，遭到陕西巡抚孙传庭的阻挠。受挫后，高迎祥试图从子午谷入境，但他被孙传庭埋伏。7月20日，全军覆没的高迎祥被俘，随后被明朝处死。农民军的巨大挫折使同时在陕西等待高迎祥的李自成“上位”。他被高迎祥的下属支持，继承了高迎祥“闯王”的称号，并收集了他的残疾人。
从此，李自成成为明末农民起义的第一领导人。
在明朝灭亡之前，李自成挖出了祖墓