明朝平定云南后，根据云南少数民族的特点，在广大少数民族地区实行吐司制度，并不断完善。然而，随着社会的不断发展和进步，吐司制度的弊端越来越明显，不再适合边疆少数民族地区的发展和中央政府的统治。虽然它在历史上发挥了有益的作用，但它本身就有许多缺点。
在土司的统治下，土司世官其土，世有其民，有权杀死所属人民，“主仆之分，百世不移”。土司统治下，人民生活艰难，严重阻碍了社会经济的发展。土司之间，土司经常互相争斗，抢劫村庄，滥杀无辜，使人民遭殃，影响边疆的稳定。土司有自己的武装，他们用自己的兵丁镇压当地人民，抗命朝廷，叛乱无穷。土司制度的长期存在不利于国家统一。随着历史的发展，土司制度的落后性和弊端日益突出。废除土司制度已成为历史发展的必然。
因此，明末，在一些条件成熟的地方，土司首先被废除，土司被流官取代，土司被转移。
但有目的、有计划的大规模改土归流主要发生在清朝雍正年间，云贵总督鄂尔泰主持西南改土归流。鄂尔泰认为土司制度是西南边疆最大的隐患，必须尽快解决。只有逐步俘获暴力叛逆的土司，在其统治地区逐步改造流官，才是治本之道。否则，西南边境的稳定与和平无法解决。鄂尔泰改土归流主要以政治手段为主，即招抚，部分地区也通过武力强制改土贵流。
雍正年间改土归流后，云南土司剩余不多，剩余土司大部分延续到20世纪50年代。改土归流后，清政府分别在原土司领地设立了政府、州、厅、县，任期委托非世袭流官直接统治，实行与内地相同的制度，如设立保甲、编制户口、测量土地、明确租税、清查钱粮、建校、推广儒家思想等。这不仅促进了中国西南地区社会经济的发展和文化教育的进步，而且极大地加强了清朝在云南的统治，统一了云南边疆和内地的政治体系，进一步巩固了多民族国家的统一。
历史上改土归流是怎么回事？