土司制度是在唐宋时期羁绊州县制度的基础上发展起来的。其本质是“以土官治土民”，承认少数民族的世袭领导地位，给予其官职称进行间接统治。事实上，朝廷中央的法令并没有得到真正的实施。一些士官以世袭故肆虐杀人，为患边境“汉民被其摧残，夷人被其毒害”。甚至在康熙三十八年(1699年)，东川彝族禄氏家族也因为争夺土府继承权而互相残杀。
明清两朝君主为解决土司割据长期存在的弊端，已开始酝酿解决这一问题。改土归流一般采用两种方法：“一是从上到下，先改土府，再改土州。第二，抓住一切有利的机会。如果有的土官没有继承人，没有继承人，或者宗族争斗，派出官接任；土官互相仇恨，被平定后，派出官接任；有的土官犯罪，或者反王朝被镇压后，以罪革职，改为流官。”黄在《壮族通史》中扮演
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清朝雍正年间，西南部分少数民族地区废除土司制度，实行流官制政治改革。元朝开始实施的土司制度存在许多缺点。土司残忍地统治内部人民，不经常叛服中央政府，骚扰与之接壤的汉族人民，土司之间不断发生战争。明清两朝的统治者大多主张实施土司分离政策，以解决长期以来土司分离的积弊。即取消土司世袭制度，在条件成熟的地方建立政府﹑厅﹑州﹑县，派遣有一定任期的流官管理。康雍乾时期，清朝国力强大，雍正帝是锐意进取的君主。因此，大规模改土归流的条件已经成熟。
改土归流的历史背景：土司制度的后遗症越来越严重