明末，李自成等多支农民起义队伍揭竿而起，攻城略地，逐渐成为汪洋之势，黑暗腐朽的明朝摇摇欲坠。崇祯十年(1637年)。李自成的一支队伍进攻四川，后沿白龙江，由桃州西人番地，转战千里。在河州西川与洪承类的所有战争中，义军受挫，折返桃州，攻羊撤关，过去临潭羊沙乡，东进岷州、西河、礼县山。后来转战甘、宁、陕，然后直接去北京，建立了大顺朝。
吴三桂引进清兵入关后，清军残酷镇压了陕甘地区的起义军，恢复了封建统治。康熙七年(1668年)，清圣祖改巩昌布政使司为甘肃布政使司，迁治兰州。兰州府领河州，今年夏天拉卜楞以北，大夏河以西。乾隆二十七年(1762)设循化抚番厅，辖口外南番21寨，即今年夏天河县和合作市的大部分地区。卓尼杨土司管辖12掌嘎(市区)、外四掌嘎(郊区)，全境48旗。桃州、清沿明制。巩昌府改为雍正二年(1724年)。乾隆十三年(1748年)戴卫改为桃州厅。顺治十二年(1655年)在西固(今舟曲县)境内置阶州西固分州。雍正七年(1729年)阶州改为直隶州。当时，今舟曲还有多纳赵土司和黑峪寺黄土司辖地。
清朝正式控制了青海和其他地方。进一步加强了对蒙古和西藏各族人民的统治，规定了青海王子台吉的功绩和惩罚。定期选择盟长，并按时向贡献。它还规定，每年4月，在指定地点，由官员和军队监督进行贸易。雍正九年（1731年），清政府指定了西藏各部落的牧区。第二年，牧区派专人一般征税，每户每年征收贡马，折扣8分。
清初。在桃州、河州等五家茶马司所在地，茶马交易遵循明代旧制，其中桃马居七、岷马居三，桃州纳马番人66人，由陕西茶马御史管辖。四川、陕茶叶招商转运，藏蒙马匹交换。当时以上马给茶12格栅(每格栅10斤)，中马给茶9格栅，下马给茶6格栅。茶入藏区门口，有驻军巡逻，私茶过境，拿官治罪。与藏民的交易只能在市场上进行。殴打者不得进入内地进行交流。
鸦片战争后，以太平天国革命为标志，在全国范围内掀起了反帝国主义列强、反封建、反民族压迫的革命高潮。甘南各族人民遥相呼应，积极参与斗争。道光二十六年四月(1846年)。陕甘总督布彦泰派兵过黄河，进入循化所属的黑错(今合作市)四沟，搜寻前藏族首领昏卜刚调查、索努脱巴等人。为了避免被清兵屠杀，黑错地区的藏族人民进行了英勇顽强的武装抵抗。在清兵优势兵力和大炮的进攻下，抵抗斗争失败，但起义军不怕强奸的精神永远载入史册。
甘南：清朝统治甘南