总督直接负责的部队称为监督标准，相应的巡抚部队称为监督标准。这部分部队由总督或巡抚直接部署，但调动部队应通知中央军事部门或军机部门，否则可能会被弹劾。将军由军事部任命，但总督巡抚也可以直接任命，并报军事部备案。
各省其他部队还包括由将军管理的驻军八旗，这部分军队督察无法动员。一些专业部队，如水运、巡盐、河流等，都有自己的领导管理，各省督察通常不能动。其他绿营兵由本省监督管辖。除直属标准外，还有各级军官，如总兵、副将、参将、游击、都司、守备、管理等。在当地军队的指挥系统中，提督受兵部和总督的双重领导属于总督的下属，但其任命通常由军事机关直接任命。总督只有参劾提督的权利，没有任免的权利。清政府把提督作为对总督地方兵权的一种牵制。各级将领，如总兵、副将领等高级将领，由中央任命，中低级将领由总督提名，经中央批准。
清末，绿营形同虚设，地方基本靠湘淮等私兵系统维持。监督标准自然是监督的亲兵，其调动、人事任免等权利基本上由监督者掌握，中央政府基本上失去了对其控制的能力。督察与督察密切相关，否则会被督察欺负弹劾，难以任职，中央不敢得罪督察。因此，督察对督察以下军官的控制权大大提高，各级军官和督察逐渐形成依附关系。虽然调动任免仍由中央政府正式控制，但中央政府基本上应该遵循督察的意图。虽然双方之间存在摩擦，但总体情况是兵权逐渐下移。
总的来说，总督的兵权在清中前期比较大，但也受到了很多限制。虽然中央政府给了总督很大的临时决策权，但也设立了将军、巡抚、提督等。来限制总督的军事权力，军官的任免权牢牢控制在中央政府手中。因此，总督不能随心所欲地调兵，而是要控制在中央政府。到了清末，总督对军队的控制力逐渐增强，各省部队逐渐成为监督的私兵，监督也逐渐成为各地军阀的前身。
需要注意的是，清末，总督与巡抚的关系进行了调整。清初，总督注重军政，巡抚注重民政。巡抚不是提督的老板。总督对所辖省份的军队有控制权，而巡抚在这方面远不如总督。然而，在清末，总督在全省军权迅速增强的同时，逐渐失去了其所辖其他省份的军事调度权。例如，湖广总督对湖北军队有直接管辖权，但基本上不能指挥和调动湖南军队。湖南军队由湖南巡逻队控制。也就是说，在没有总督驻扎的省份，巡抚对军队的控制与总督一样，巡抚从民政转变为军民共重，巡抚之间的差异基本消失。
《清史稿职官三》：“总督，从一品开始。掌厘治军民，综制文武，检举官员，修改封疆。标下有副将军、将军等官员。巡抚，从二品开始。掌宣布德意，抚安齐民，修明政刑，兴革利弊，评估群官，总督以诏废除。标下有将军、游击等官员。”
《清史稿·职官四》：“副将军，从二品开始。为了提高和镇分守险汛期，为了总督综合军务，为了监督中国军队，将军标准、河标和水标也是如此。将军，正三品。游击，初制正三品。顺治十年改从。掌握防汛军政，充当镇中军官。”
清朝的总督和巡抚有多大的兵权？