事实上，晋祠现在不能统称为唐叔禹祠。唐叔禹祠仍然存在。在晋祠北侧，晋祠是唐姓总祠堂。晋祠是晋水的发源地。晋祠在北魏之前就已经开始建造，以纪念周武王的第二个儿子唐叔禹。唐叔禹是唐姓的祖先。唐叔禹死后，他的儿子谢继位，有晋水。他把唐朝改名为晋朝，叫晋祠或唐祠。
至于唐叔虞，《史记·晋世家第九》记载，易姜梦见天对武王说:“余命女孩，名虞，余与唐”。后来易姜生了一个孩子，手里拿着“虞”字，就叫“虞”。武王崩，成王立，唐地反叛，被周公杀害。成王小时候和叔虞玩，把桐叶砍成贵，交给叔虞，说：“以此封若”，史官听后，请成王选择日立叔虞。成王说：“五与之戏耳”。史官说：“天子无戏言，言则史书之，礼成之，乐歌之”，于是把叔虞封到唐朝。由于唐地有晋水，叔虞子羲改国号为晋。这就是著名的“剪桐封弟”故事。
宋朝以前，晋祠是指唐叔虞祠，位于今天的圣母殿。《水经注金水》载：沼西际山枕水有唐叔虞祠。宋太平兴国九年，赵昌言写了《新修晋祠碑碑并序》:情复(唐叔虞祠)前临池沼，泉源鉴于百寻；后来有危峰，山秀屏开在万人。在整个晋祠中，只有今天圣母殿的位置才能符合这两个文献的描述。唐叔虞祠在元代至元四年(1267年)的《汾东王庙重建》中，已改为今日朝南的方向。为什么唐叔虞失去了晋祠的主神位？
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一种可能的解释是，唐叔虞其实是一个有“前科”的神。隋大业十三年(617年)，李渊任太原留守，郡丞王威、武牙郎将高君雅为副，隋朝江山风雨飘摇，狼烟四起。今年，马邑校长刘武周根据汾阳宫举兵反隋。李渊与王伟、高君雅讨论了将军们平叛。这时，李渊已经有了夺取世界的心，于是命令李世民、刘文静、门下客长孙顺德、刘宏基招兵买马。不到半个月，李世民就筹集了1万匹兵马。李渊还派遣密使召建成和元吉二子来到太原。王威和高君雅见形势不对，怕李渊造反，便想借李渊到晋祠祈雨的机会赢得他。晋阳乡长刘世龙得知此事，密告李渊。五月，李渊将两人斩首后，在唐叔虞祠下誓师，第二年夺取长安。唐贞观19年(645年)，李世民回到晋阳。第二年，他在晋祠写了一篇不朽的著名文章《晋祠之铭并序》，仍然保存在晋祠博物馆的唐碑亭。唐叔虞虽然没有辜负李渊的期望，一路保佑他顺利夺取世界，但他也背负着保佑造反的恶名。然而，如果赵宋朝廷邀请唐叔虞离开，为什么他在重建晋祠时没有想到这一层呢？即使在太平兴国碑上，他仍然不遗余力地赞美唐叔虞“泽民生”的美德？
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在太平兴国四年(979年)的第一个月，赵光义经过充分的准备，第三次下河东。4月20日，赵光义抵达晋阳市，驻马“汾东营”(今太原市晋源区庞家寨东北，后平晋县所在)，亲自督军日夜攻打晋阳。五月，马步军指挥使郭万超降宋，城内粮草断绝，人心松弛。五月初五，刘继元终于纳表投降。然而，晋阳的痛苦并没有结束。刘继元投降后，晋阳人民继续抵抗，特别是民间武术组织“弓箭俱乐部”给宋军造成了很大的麻烦。人们甚至用砖块攻击宋军。赵兄弟费尽心机和力气打下晋阳，本来就怒不可遏，人民的抵抗更是火上浇油。赵光义骂晋阳人是“盛则后服，衰则先叛”的顽民，甚至下令驱逐晋阳所有人出城。5月18日，一场大火把千年古城变成了灰烬。老少不如出城焚死者。
第二年，赵光义再次引汾、晋二水灌晋阳废墟，终于连废墟的痕迹都没有留下。宋朝将太原政府转移到北方20公里的唐明村，即现在的太原市。同时，在“汾东营”旁边修建了一个小镇平晋县，周围只有四英里。禁止当地人返回晋阳故城，并将赵光义指挥作战时驻扎的营地改造为统平寺。后来，真正的赵恒将其改名为崇圣寺，并在寺内建立了“崇圣寺碑碑与序”碑，夸耀其平定北汉的功绩。平晋县已建成70多年，晋阳人仍拒绝居住，更多的人流落到河南等地。而带有示威意义的统平寺也因多次被暗中烧毁，终于罢舍了。赵光义攻下晋阳后，还仿照李世民的《晋祠之铭并序》，在晋祠设立了“新建晋祠碑碑并序”碑，俗称“太平兴国碑”。传说这块碑的碑文被当地人逐字逐句地凿掉了。现在晋祠胜英楼下有一块光秃秃的“无字碑”，据说是原来的“太平兴国碑”。只有嘉靖《太原县志》记录了太原县从明到清五个版本的县志，其他县志对此一言不发。北汉被征服后，唐叔虞最初被邀请出正殿。
为什么晋祠又叫唐叔虞祠？