1864年，太平天国失败后，遵王赖文光和梁王张宗禹重组了扭军。赖文光正式授予扭军将军太平天国新王号；新扭军采用灵活的战术，逐渐成为一支约10万人的骑兵部队。1865年5月18日，扭军埋伏在山东省曹州，歼灭了追赶和尚格林沁的所有骑兵，杀死了和尚格林沁，清军主力丧失。华北震动，燕京戒严。北京大师命令曾国藩镇压扭曲。
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河南省周家口、山东济宁、江苏省徐州、安徽省临淮关分为四镇，驻淮军、湘军8万人，将捻线包围在苏、豫、皖边区。淮北捻军根据地修筑遗址，清查户口，实行保甲连坐法。但是扭军突破了湘淮军的包围，进入了湖北。再次突破开封、朱仙镇贾鲁河防线，东走山东。李鸿章继承了曾国藩被朝廷撤出任命的大臣。1866年10月，捻军分为东西两部，东由赖文光率领，西由张宗禹率领。1867年，东捻被李鸿章淮军围困，突破失败。11月，任柱在与刘铭传的战斗中被叛，主力被摧毁，西捻军东下救援。1868年1月，东捻在山东胶莱河寿光战役中被摧毁，赖文光被俘后被杀；西捻进入陕西，配合回民军作战。后来，为了救援东捻军，它一度接近保定和天津。八月，山东为淮军围困鲁西北，恰逢连日大雨，捻骑不能奔驰，西捻溃败，张宗禹也在逃亡中失踪。到目前为止，所有的扭军都失败了。
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1864年，天京被清军攻占，清军随后屠杀了天京灭绝人性的城市。无数太平军被俘的女兵在街上骑木驴，然后被处死。
1860年6月13日，《华北先驱报》目睹了清兵凌迟太平军俘虏的信件：
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“太仓被占领的第二天，上午11点，大量俘虏被护送到卫康新附近的清军营地。这些太平军有男有女，有老有少，从新生婴儿到80岁蹒跚而行的老人，从怀孕的妇女到10到18岁的女孩。清军把这些女人和女孩交给一群流氓强奸，然后拖回来处死他们。有的少女，刽子手把她们翻过来面朝天，撕掉衣服，然后用刀直接切到胸口。这些刽子手做剖腹手，不伤五脏，伸手进胸，掏出一颗热气腾腾的心。受害者，直瞪着眼，看着他们做这么惨无人道的事。还有许多婴儿吃奶，也从母亲的怀里带去剖腹产。许多太平军俘虏不仅被剖腹产，而且被酷刑。他们的衣服被剥光了，每个人都被绑在一根木桩上，受到了最精细的残酷酷刑。他们身体的各个部位都被刺入箭族，血流如注。这种酷刑不能满足刑卒的魔鬼般的恶念，所以换了另一种方法。刽子手们一块一块地切肉，有时塞进嘴里，有时扔进嘈杂的观众。令人难以忍受...这些可怜的人在几个小时内一直在痛苦地扭动。日落时分，他们被一名野兽清军刽子手押在刑场上。这家伙手里拿着一把刀，渴望把手染成鲜血，就像魔鬼的化身。他抓住了这些不幸的受害者，威严地把他们拖到前面，嘲笑他们，侮辱他们，然后砍他们，用刀来回锯，最后砍掉了他们的大部分头，最终结束了他们的痛苦。”
太平军余众和后裔离开香港和海外，绝大多数人已经失去了斗志，因此默默无闻。
揭秘:满清是如何对待太平军男女俘虏的？