藤原高子出生于承和9年（842年），是家中的第二个女儿。他的父亲是藤原长良，他当时是四个藏族人，他的母亲是藤原B春。在他出生的同一年，朝廷发生了一场被称为“承和之变”的政变。出生在高子身上的藤原成为这次政变中最大的赢家，为今后创造相关政治奠定了基础。
虽然高子的父亲长良是他父亲藤原冬嗣的长子，但他的二叔藤原良房是兄弟中最好的。藤原良房只有一个妻子源洁姬，妻子之间只有一个女儿藤原明子(染殿后)。因此，高子的兄弟长藤原基成了二叔的后代。
清和天皇还在东宫的时候，高子以女官的身份出仕于皇太后藤原顺子(五条后)的宅邸。贞观元年(859年)，9岁的清和天皇即位。在一代天皇只举行过一次大祭祀的过程中，高子被选为五节舞的舞者，并从五位下叙述。之后，高子可能会转而服侍清朝和皇帝的母亲，服侍染宫后的藤原明子。因此，他经常以清朝和皇帝元服两年后于贞观8年(866年)入宫。当时高子24岁，清朝和皇帝16岁。贞观8年(866年)12月，高子被授予女御，9年，晋位正下五位。贞明亲王(阳成天皇)生于清和天皇之间、贞保亲王、敦子内亲王等二男一女。贞观11年(869年)，晋从四位下
，贞观13年(871年)，又晋从三位。
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清朝和天皇有很多后妃，其中“有专房宠”的是藤原多美子，一个和高子差不多同时入宫的堂兄妹，她是高子三叔藤原良相的女儿。高子的哥哥藤原基经还把两个不合法的女儿赖子和佳珠子送到了清朝和天皇的后宫，还有很多皇室女王和源氏出身的女皇和更衣。值得一提的是，原业平的侄女也是清朝和天皇的后宫之一。
贞观18年11月29日(876年12月18日)，清和天皇让位于9岁的皇太子贞明亲王，高子成为天皇之母，封皇太太夫人，称中宫。
成为国母时，儿子阳成天皇还年轻，政权由高子、清和太上皇、摄政藤原基经协助。元庆4年12月4日(881年1月7日)后清和太上去世，高子与兄弟藤原基经之间逐渐出现嫌隙。清和天皇去世后不久，就是高子的四十大寿，但由于天皇的死亡，它被推移到元庆六年(882年)三月的第二年。阳成天皇在清凉殿举行宴会，王公贵族都参加了宴会。原文子出生的王子贞数亲王献上了兰陵王的舞蹈。高子通过在原文子母子中重用，表达了亲近原家的态度。
同元庆六年(882年)，阳成天皇加封母亲高子为皇太后。根据日本的礼法，非前天皇正配的天皇之母只能封为皇太太夫人而不是皇太后。然而，孝子之心、外戚力量的扩张以及仁明、文德、清和三天皇都没有正式成立皇后，这使得这一礼法没有得到严格遵守。因此，文德天皇的母亲藤原顺子、清和天皇的母亲藤原明子在皇太太夫人登记后不久，又是晋皇太后，高子也不例外。
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据《日本三代实录》记载，元庆7年(883年)11月，阳成天皇在宫中杀害了乳母纪全子的儿子源溢。前所未闻的天皇在宫中的杀人事件成为藤原基经迫使阳成天皇退位的原因。因此，阳成天皇声称自己在元庆8年2月4日(884年3月4日)退位，年仅15岁。杨成天皇成为太上皇后，高子仍然被称为皇后。母子俩被迫远离政治，皇统由阳成天皇的叔叔、仁明天皇的次子康亲王继承，为光孝天皇。
宽平八年(896年)，54岁的藤原高子被怀疑与东光寺的主人友私通，被废除为皇太后。但四天后，朝廷给了她400户。这是光孝天皇的儿子宇多天皇时代的事。宇多天皇退位后，高子于延喜10年3月24日(910年5月6日)享年68岁
。
天庆6年5月27日(943年7月2日)，当高子去世33年，王位轮到开明天皇的儿子朱雀天皇继承时，高子的皇太后称号终于恢复。
《本朝文粹》收录了恢复皇后的诏书，全文如下：
诏书。我以菲虚为荣。思考道德政治，以治理之风。元庆皇太后，曾停徽号，称前皇太后。花椒庭的月亮是闲置的，芝麻霜经常变化。不出汗，早断德音。过去在我耳边，我还在哀悼。因此，我们应该恢复这个数字来安慰我们的灵魂。苔藓故宫，没有雨露的影子，白杨荒隧，老百姓改变了山陵的声音。告诉世界，俾知道我的意思。主人执行。
藤原高子：高高在上的皇母也有鲜为人知的一面