揭示瘟疫病原体
根据其突如其来的发病率，具有流行性的特点，指出这是由于天地间有一种异气，又称厉气、疫气所致。他认为，虽然《伤寒论》提出时行之气有传染性，但根据实际情况，时行之气末有时会有疫情，所以时行之说不能令人信服。一个人是否得了疫病，是因为他的力量。每年都有杂气之一。疫气的兴衰与地区、四季、岁运有关。感受到疫病之气后，可使老少俱病。这就从病因学上区分了温疫和一般外感病，并区分了伤寒病。吴突破了六气致病的传统观点，提出了传染病病原体的新观点。现代医学和微生物学证实了这些，这是吴对温病学的巨大贡献。
总结瘟疫侵犯情况
总结瘟疫的侵犯方式、传染方式和流行特点，温疫邪气侵犯人体的方式不同。当它从口腔和鼻子进入时，它的侵犯部分既不在表面，也不在里面，而是从口腔和鼻子进入，停留在半表半里之间。这里称为膜原。这里的膜原，说明温疫之邪在人体内，外可与表相连，内可入内。指出温疫病不能通过治疗外感病来治愈，即该病邪的部位不同于一般外感病的表面或内部，而是半表半里的膜原，这是一般药物无法到达的。因为它既连表又连里，邪气盛的时候可以出来也可以进去，然后根据邪气溃散的趋势，因势利导进行治疗。吴氏从表内两个方面总结了温疫病的传变，总结出九种传变方式，称为“九传”。也就是说，表不里，表而再表，但内不表，内而再里，表内分传，表内分传再分传，表胜于内，里胜于表，先表后内，先里后表等。
探索治疗药物
为了治疗温疫，创立了达原饮一方。为了使邪气尽快从膜原溃散，有利于表内分散。方中槟榔可以消能磨，是疏利气机的产品，可以除伏邪，治岭南瘴气；厚朴也是疏利气机的产品，可以打破敌意；草果又硬又壮，可以辛散去除伏邪。三味药合作，使气机疏利，直达巢穴，促进邪气溃散，迅速离开膜原。方中还用知母滋阴，盖温疫的邪性是温热的，容易伤害津液。热伤营血，所以加入芍药和血，加入黄芩清热，用甘草调和诸药。药虽七味，但能调节气机，透达膜原，因此是治疗温疫之邪的主方。因为温疫之邪可以从膜原进出，所以经常同时看到表内症状。吴还创立了三消饮，治疗温疫之邪进出表内，同时看到表证、里证、半表半里证。三消饮即达原饮，加大黄、羌活、葛根、柴胡、生姜、大枣。
若温疫之邪已散漫，则应根据邪气所在部位进行不同的治疗。如果脉长洪散，出汗口渴，全身发热，说明邪气已经离开膜原，而内热散漫，其病机与伤寒阳明气分证一致，所以白虎汤还是可以解散的。如果邪气透过胸膈，看到满满的烦恼和喜呕，想吐就吐不出来。虽然呕吐不能呕吐，但腹部不满，想喝就不能喝，想吃就不能吃，说明膜原的邪气已经溃烂在胸膈，邪气在上面。可以选择瓜蒂散吐疫邪。若温疫之邪入内，见有可下证，则可使用下法。吴非常重视下法的应用，认为下法的应用范围很广。吴指出，如果舌苔由白变黄、黑苔、或舌刺、舌裂、舌短、舌硬、舌卷、舌沙苔、唇燥裂、唇焦、唇剥、烟煤等鼻孔、口臭、口渴、眼红、咽干、呼吸气如喷火、尿红或涓涓作痛、大便异味、扬手足、脉沉而数、潮热、善太息、心满、心高如块等。因为温疫之邪来自口鼻，先入其中。若内气结滞，使气机闭塞不通，膜原之邪无法透达，表气也无法解决，因此攻中尤其重于解表。
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创建温疫理论
温疫学理论成立于200年，领先西方世界。形成了相对系统的温病辨证论治纲领，提出了一系列新的学术见解，丰富了中医温热病学的内容。他的邪恶侵犯方式对叶天士的温暖理论有一定的启示。他的学术思想使温疫学理论独立成为一个系统，应充分肯定他对祖国医学的贡献。
吴有性的主要成就是什么？理论是什么？