朱义军在位前十年，由于年纪小，母亲李太后代听政，太后将军政大事交给张居正主持裁决，实施了鞭法等一系列改革措施，使社会经济大幅发展，为“万历中兴”。
万历怠政
但张居正死后，万历十四年(1586年)十一月，朱义钧开始沉迷于酒色(一说是鸦片烟瘾)。后来因为立王子和内阁争执了十几年，最后干脆30年不出宫，不理朝政，不郊，不庙，不朝，不见，不批，不讲。1589年，朱义钧不再出现，内阁出现了“人滞于官”。、“曹署多空”现象；万历二十五年，右副都御史谢杰批评神宗荒于政事，亲政后政不如以前：“陛下孝顺、尊祖、好学、勤政、敬天、爱民、节用、听话、亲亲、贤贤，都不如以前。“以至于朱义钧在位中期后进入中心的朝廷官员不知道皇帝长什么样。于慎行、赵志高、张位、沉一贯等四位国家重要官员虽然担心政治事务，但无能为力，只能用几个太阳影子来打发值班时间。
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万历四十年(1612年)，南京各道御史上疏:“台湾省空虚，诸务废堕，上深居20多年。如果你不接见大臣，世界就会有陆沉之忧。”。首辅叶向高说皇帝一天可以见两次福王。万历四十五年(1617年)十一月，“部、寺大僚十缺六七，风宪重地空署几年，六科止存四人，十三道止存五人”。囚犯被关在监狱里已经20年没有问过一句话了。他们在监狱里用砖头砸自己，在血泊中辗转反侧。
临江知府钱若庚被朱义钧投入诏狱37年，最后不得不释怀。他的儿子钱敬忠上疏:臣父37年...气血终衰..脓血淋漓，四肢臃肿，疮毒满身，更患脚瘤，步立俱废。耳朵既不为人知，眼睛既不见，手不能运，脚不能行，喉咙里还有点生气，叫不死，真的是死耳朵。首辅李廷机病了，连续120次辞呈，都得不到消息，最后他不辞而去。万历四十年(1612年)，官部尚书孙丕扬，“拜疏自去”。41年(1613年)，官部尚书赵焕也“拜疏自去”。万历末年的奏疏中说：“皇帝每天晚上都要喝酒，每喝酒都要喝醉，每喝酒都要生气。醉酒后，左右近侍稍违，即死杖下。”
万历三大征
虽然朱义钧的内政行为可谓荒谬，但在军事上，由于朝臣的精心训诫，他仍然保持着能干的本貌。他派兵调将，平定播州(遵义)杨应龙之乱的播州之战，平宁夏拜之乱的宁夏之战，抵制日本丰臣秀吉入侵朝鲜和东北大片地区(奴隶干都司)的朝鲜之战，维护了明朝的统一状态，粉碎了日本入侵朝鲜的野心。这三场战争合称万历三大征。然而，尽管军事得到维护，朱义军还是派宦官以勘探采矿的名义到江南搜寻民用脂肪膏。人们抱怨，明朝的政治腐败达到了极端。
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矿税之害
神宗亲政后，开始表现出其贪婪的本性，“几年来，御用不给。今天的光，明天的太仆，浮梁的磁，南海的珠子，玩奇怪的游戏，巧妙的工具，日新月异的“万历二十四年（1596年），明神宗派宦官作为矿业监督税使，掠夺商人，一旦被认为地下有矿苗，房屋将被拆除，以便开采，开采不及时，附近的企业将被指控“盗矿”，必须支付所有的“盗矿”赔偿。无论矿山监狱走到哪里，人们都穷尽了钱，“鞭打官员，抄袭抢劫之旅，人民恨刺骨”，“他们的党直接进入人民的家庭，奸淫妇女，或者掠入税监局，士民公愤”，而“帝不问”成了明朝的一大恶政。首辅朱庚痛苦地说：“今天的政权不由内阁，全部移于司礼。在《请罢矿税疏》中，大学士沉鲤还指出，矿税“全部有司加派于民，以包赔之也”。田大益在户科给事中忍无可忍地批评他：“以金钱珠玉为命脉。”
万历二十五(1597年)至三十三年(1605年)，矿税使内库银近300万，“半以助浮费，半以市珠宝”。更多的财产流入宦官的口袋。“从万历二十五年到万历三十四年，矿业监管税使向皇家内库提供560多万银，1200多万黄金，平均每年提供50多万银。飞食人，使世界上的人，剥皮吸髓，重足累息，使自然灾害破裂，山崩川竭”。万历二十三年，御史马经纶直言不讳地指责神宗“好货成癖”
需要注意的是，上述说法主要来自当时公务员制度、矿山税、海洋税、茶叶税等工商税利益受害者。当崇祯听从公务员的建议，取消商业税，取代农业税时，大规模的农民起义爆发了。
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女真掘起
此时，东北女真族努尔哈赤崛起，成为未来中原帝国的隐患。1619年，辽东经略杨镐四路进攻后金，在萨尔浒大败，死亡4万多人，开原、铁岭沦陷，北京震动。朱奕钧用熊廷璧守卫辽东，屯兵筑城，才扭转辽东局势。然而，朱义军30年来的“断头政治”忽视了人事任免等重大事件，只在必要时处理政府事务，使大多数行政部门的运作停滞不前。论者认为，这种情况使明朝行政瘫痪。
明神宗朱义钧在位期间的功过有多少？