唐若望是一名外国传教士，以其广泛的知识得到了顺治皇帝的信任和欣赏，并被尊为“玛法”。顺治死后，他很快成为了一名囚犯，几乎死了。
汤若望试图在中国传播基督教，但对于以佛教和道教为主导地位的中国来说，这是非常困难的，并受到许多势力的阻碍和破坏。秦天监(清代负责天文历法的官员)杨光先是一个心术不正，专门靠诽谤为能事的家伙。他把100多个无辜的人投入了监狱。杨光先相信道教。自1660年以来，他一直活跃在各地反对耶稣基督，并发誓要根除耶稣宗教，尤其是作为耶稣会北京教区区长的唐若望。
杨光首先拉拢礼部尚书恩格德，诬蔑唐若希为皇太子选择的葬日不合理，导致董鄂妃早逝，顺治皇帝莫名其妙死亡。他要求唐若希为此付出代价。对于这一莫须有的罪行，辅政大臣奥拜深信不疑。他相信萨满教。四辅政大臣中的另三位也要求惩罚唐若希。
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1664年4月20日，汤若望因脑出血突然半身不遂，不但不能正常行走，连说话也开始含糊不清。就在他即将失去语言能力和抵抗力的时候，杨光趁机打击。他写了一本名为“最后手段”的诽谤书，公开宣布汤若望和他的同伙南怀仁、布格里沃和马格拉斯，以及四名中国教徒都是煽动者，他们被指控为道德伦理和错误的天文历算，以寻求逆向犯罪，传播谬误。
汤若望和他的同事被逮捕了。由于皇帝的命令，汤若望没有戴上枷锁，但他的同事们每人都被九条链子锁住了。链子很重，让人坐立不安，只能整天爬在地上。每个受关者都有五名人员看守，审问时不得不连续几个小时跪在法官面前，这对半瘫痪的汤若望来说更是痛苦。
唐若希入狱时，天空中出现了一颗彗星。在中国人看来，这是一件非常不祥的事情，也是一个巨大的警告。此外，北京还有一场巨大的沙尘暴，刑事部的院子里布满了沙尘，因此刑事部希望尽快结束审判。
这时，狱中的南怀仁突然松了一口气，他接到命令，从监狱窗户的小孔里计算下一次日食的时间和规模。刑事部官员试图让神甫在这种过于简单的观察条件下工作，使他们在计算上犯错误，从而证实基督徒在传播错误的天文历算。在狱中，南怀仁一直在照顾比他大26岁的汤若望。在审判中，他充当汤若望的大脑和喉舌。南怀仁在狱中按照欧洲的历算学方法，由不能正常说话的汤若望当顾问，终于测出了下一次日食的时间。与此同时，中国和阿拉伯学者也依法进行了计算。
中国天算学家预测:2:15。阿拉伯天算学家预测:2:30。耶稣会神甫预测:3:00。
朝内重要官员齐聚观象台，想搞清楚谁是中国、阿拉伯、欧洲三种天文计算中的谬误？对于正在遭受厄运的耶稣会神甫来说，这是一个生死攸关的问题。一名卫兵摘下南怀仁的手铐和脚镣，放下脖子上的枷锁。教士们被允许在监狱里观察日食。汤若望还躺在监狱里喘着粗气，不时陷入昏迷。真相大白的时刻即将来临。突然，一个站在时刻表前的人喊道:“现在是中国人测报的时刻。2:15，日食发生，16分，17分，18分……”大统历的计算方法被排除在正确之外。
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“现在是回历的测报时间，2:30。”然而，太阳上没有蚊子，失望的观察者还在等待，5分，10分，15分...阿拉伯人也被打败了。
“三点钟，现在是你预测的时候了。”监狱里的官员盯着唐若望，碰巧他刚刚醒来。三点钟，第一个影子落在了太阳上，这只是神甫的第一次胜利。影子越来越大，逐渐覆盖了整个太阳，这是另一场胜利，神甫预测将是日常食物，而中国和阿拉伯学者预测将是日常食物。
帝报神甫的胜利消息传遍全国，大统历和回归历的天算家们被无情地打败了。刑事部官员无视已经发生的事实，仍然聚集在一起讨论欧洲历算学家是否正确。可笑的是，他们对西方的数学和天文学几乎无知。南怀仁向中国官员保证，将准确报告昼夜春分时间，以证明欧洲历算法的优势。然而，这些人只知道谴责汤若望和他的科学，就像热虫害怕再次见到火一样。
不久，汤若望被判刑，鳌拜将其改为凌迟。凌迟是中国最残酷的惩罚，也就是说，当人们活着的时候，他们开始分割自己的身体。汤若望将被一刀切断。为了延长死亡过程，他不得不用烙铁和热油止血。他的同事将被判100根棍子并驱逐出境。
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就在汤若望的判决被11岁的康熙皇帝面前，上午11点，天和地又开始发生巨大变化。天上又出现了一颗慧星，拖着长长的尾巴。大地震发生在地面上，持续了三天，北京和宫殿像海上的船一样摇晃。监狱的墙塌了，警卫们惊慌失措，房子在强震中像纸牌一样倒塌。地面上到处都有大裂缝，城墙多处被破坏，火势四处蔓延。特别可怕的是，一股飓风夹带着黑云遮天盖地，宫中的大臣、贵戚、宫女都吓坏了。皇帝的祖母孝庄太后带着小皇帝康熙跑到外面，住在瓦砾上的帐篷里。老太后哭着说:“这是天谴！”
在上帝的无情打击下，辅政大臣们不得不退却，最终放弃了处死汤若望的决定，释放了他。在这种情况下，汤若望逃脱了。
鳌拜要把汤若望处死，连孝庄太后都吓哭了。