崇德八年八月，皇太极去世，其十四弟瑞亲王多尔根和皇长子肃亲王豪势均力敌，“诸王兄弟相争为乱，窥伺神器”。
32岁的小庄与皇太极孝端皇后进行了多次调解，使多尔根获得政王称号和实权后，改为支持子福继位，改年称为“顺治”，与姑姑、孝端文皇后并尊，称圣母太后。
多尔根权重很高，仍然觊觎王位，不断迫使幼儿园老板给他的叔叔、叔叔甚至皇父，封他的生母为皇后，这是皇帝的才能。孝庄全力协助顺治，向多尔根展示战略，软硬兼施，缓解他的野心和欲望，巩固顺治的王位。
30多岁的寡妇和10多岁的儿子面对许多贪图王位的血腥男人并不容易。她不仅要妥协多尔根，还要继续寻求蒙古科尔沁部博尔济吉特家的支持。然而，她羞辱和支持的小皇帝顺治并不感激。
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顺治不喜欢两个来自母亲家的女王，只宠自己喜欢的东鄂妃。顺治13年(1656年)8月，董鄂妃被列为贤妃，仅3月多，顺治以“敏慧端良，无董鄂之上者”为由，晋封她为皇妃，还举行了非常隆重的册妃仪式。第二年，董鄂妃生下了皇四子，顺治颁诏天下“这是我的第一子”，大有封太子之意。但这孩子“百日而战”，顺治追封为和硕荣亲王，为他修建了高规模的园宿。顺治十七年八月，董鄂妃病逝，顺治“辍朝五日”，追求孝献皇后。历史学家萧一山称他为“爱妃之死，想逃禅”。
顺治对母亲选择的女王漠不关心。第一个是孝庄的侄女，多尔根嫁给了他，但他喜欢奢侈，被宠坏，反对顺治，自然不喜欢他，两年后就被废除了。第二个是孝庄从他母亲家里找到的孙女作为儿媳，但他的儿子喜欢董鄂妃，总是责骂母亲指定的女王。幸运的是，女王可以冤枉圆通，有女王的照顾，所以她没有被废除。
虽然孝庄没有慈禧那样听政，但她是顺治一朝和康熙初期两位皇帝最好的政治导师。
清朝历史专家杨珍说：“孝庄被公认为明清时期杰出的女政治家，在清朝特别困难的情况下，维护清朝皇室的团结，保护和培养顺治、康熙历史君主，扭转中国的分裂，使中国统一，更重要的是，她不像慈禧，总是在幕后，这在中国古代历史上是非常罕见的。”
康熙作为当事人之一，对祖母的评价更有说服力:“回忆弱龄，早失父母，继承祖母膝下30多年，鞠躬养育教诲，取得成功。没有祖母太后，今天就不能成立了。”这句话深情，见《清圣祖圣训》卷《圣孝》。
赵尔浔修的《清史稿》评价孝庄:“世祖圣祖都以冲龄练佐，孝庄皇后，当时没有建立垂幕的议论者。殷忧启圣，然后定中原，克底于升平。”
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孝庄临死前，告诉康熙：“太宗奉安久，不能为我轻动，况我心爱你父子，当孝陵靠近安厝时。“孝庄的遗愿，灵枢不运往盛京与皇太极合葬，而是安置在清孝陵附近，那里有23岁儿子因痤疮早逝的陵墓。那是她心中的痛。她将葬在北京，继续守护孙子的江山。同时，小庄也知道皇太极最喜欢的是姐姐海兰珠，尊重阿姨哲哲。就连林丹汗的两个寡妇在皇太极心中的地位也比自己高。他们可能不会感到悲伤。
这句话说的是真情实感，但南明抗清将领张煌言却大惊小怪，说孝庄作为寡嫂嫁给了小姐夫，却无耻地看着丈夫皇太极。
母子矛盾重重，势同水火。18年来，顺治的祖先去世了。8岁的皇帝三子玄烨是康熙皇帝，孝庄是太后，昭圣太后。孝庄再次协助，授予治国安邦战略，支持康熙平定“三藩”，同时与索尼、鳌拜四大顾命大臣斗智斗法。、收复台湾省，驱逐沙俄，亲征准噶尔。康熙前期的许多重大决策和事件与同孝庄的规划密不可分。
无论后人如何把所谓的委身洪承类、嫁给多尔根的东西泼到孝庄，她都为清朝的繁荣做出了巨大贡献。她过着节俭而奢华的生活。当她打乱“三藩”时，她捐赠了宫廷节省的两银奖励士兵。每逢荒年道歉，她总是拿出宫中的积蓄来救济，全力配合和支持孙子的事业。
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她的榜样让皇帝更加尊敬。康熙二十一年(1682年)春天，皇帝去盛京旅游。沿途几乎每天都有人送书问候日常生活，报告自己的下落，封住河里捕获的鲢鱼和鲫鱼，派人送北京给老祖母品尝新鲜食物；22年(1683年)秋天，康熙陪祖母去五台山旅游。当他到达上坡时，皇帝经常下轿子，亲自保护祖母。
康熙二十六年(1687)十二月，孝庄病危，康熙昼夜不离，亲奉汤药，亲带王公大臣步行到天坛，“请灭以益太后”：“如果大算或穷，愿减臣龄，冀增太后几年的寿命。”
孝庄太后致力于大清江山：康熙求天缩命延寿