下关条约
与此同时，长州藩遭到了英美法荷联合舰队的报复攻击。由英国东洋舰队司令库巴指挥的联合舰队共有17艘军舰，配备288门大炮、5019名士兵和3艘联络船。9月5日，舰队开始攻击下关，轰炸了三天，摧毁了所有炮台。虽然长州军队顽强作战，但由于实力悬殊而失败。这一事件是“长州政策甚至日本历史上的一个转折点”。9日，长州藩主派高杉晋作为宋户刑马家老的讲和使者，前往联合舰队，与库巴签订了放弃繁夷的“下关条约”。
第一次征长战役
8月24日，幕府通知各藩出兵，追究长州兵在“禁门之变”中进攻京都皇宫的责任。张藩主德川庆胜率领的三家之一的讨伐军，共有6藩15万兵力准备讨伐长州。但各藩遭受财政困难，对幕府恢复参与交代制怀抱反感，因此没有战斗意图，军队行动缓慢。讨伐军参谋、萨摩藩士西乡隆盛提出了假长州人处罚长州激进派的妥协方案。12月9日，长州藩保守派为“恭顺投降”，切腹三名熙熙攘攘的夷派家。第一次征长战役就这样结束了。
在内外攻击下，长州藩屈服于幕府，保守派掌握了藩政，下令解散诸队，惩罚尊华派志士，严重打击了长州藩刚刚形成的尊华势力。晋化名谷梅之助，作为避免迫害，从家中潜入九州筑前藩的维新女士野村望东尼平尾山庄隐蔽。在艰难困苦的环境中，长州藩倒闭势力不仅没有解散，而且团结内部，加强军事训练，准备与幕府进行最后的决战。
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以武力夺取藩政权
就在长州藩倒闭势力陷入困境的时候，死于筑前的高杉晋决心用武力夺取藩政权，与幕府斗争到底。于是他潜回下关，秘密联系诸队安排起兵。1865年1月14日，晋作在下关功山寺举兵。他列举了藩内保守派奸吏的罪恶，呼吁人民真诚地为国家合作，挽救国难。在豪农豪商的热烈支持下，他们组织了“庄屋联盟”，发誓要组织农民起义，并给予大量的财力物力帮助。1月28日，晋作动员伊藤博文的力士队迅速占领下关伊崎俱乐部，夺取了大量军费和武器弹药。2月1日，晋作发表“讨奸”，率部与保守派军队决战绘堂，一举夺取藩政权。
继续实施“富国强兵”政策
倒闭派掌权后，晋作准备出国考察西方富国强兵的经验，但长崎的英国军火商古拉伯劝他此时不要出国，应该留下来提倡开港，这样长州藩就可以从英国获得大量新武器，晋作深以为是。高杉晋指出，要在不辱国体的情况下开下关港，只有这样才能割据富国。否则，不仅赶不上幕府和萨摩藩的实力，最终还会陷入外夷妖术。因此，他留在藩内处理军国大事。从10月到12月，他先后担任藩内“使用所役国政方”(政务机关长官)、“海军兴隆使用挂”(负责海军建设的官职)、下关“越荷方头人座”
(收购北陆道七个藩国运来的货物的机构官员)和下关“伊崎新地都合役”(行政官职)。1867年7月，他再次担任海军提督(司令)。晋作等人在“富国强兵”、“殖业产业”、在“开港贸易”现代化政策的指导下，实施了一系列政治、经济和军事改革。例如，打破封建门阀和身份制度，不拘一格地选拔人才；改革军事制度，实施军备现代化；开展港口贸易，发展工业，使长州藩日益巩固和发展为“分离倒闭”基地。
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第二次征长战役
庆应2年(1866年)1月21日(据说是1月22日)，在土佐藩坂本龙马、中冈慎太郎、土方九元仲介下，晋作与桂小五郎、井上闻多、伊藤俊辅(伊藤博文)在京都与萨摩藩形成了萨长盟约。
五月，与伊藤俊辅一起被命令前往萨摩，并在长崎单独购买了新战舰“丙辰丸”。
1866年6月，晋作为全藩军事指挥官，担任海军总督，冒着枪林弹雨乘坐军舰“丙辰丸”亲自指挥，参加大岛小仓反击战，击退幕府舰队，夺回周防大岛，使长州藩彻底胜利。战场上，这位英雄曾吟诗道：“赫赫东藩八万兵，袭来屯在浪华城，我曹快死果何日，笑着四邻闻炮声。从诗中，我们可以想象他指挥自若的场景。
当明治维新胜利的曙光依稀在望时，樱山疗养的高杉晋因肺结核于应庆三年4月14日(1867年5月17日)在下关新地去世，死于奇兵驻吉田，不到28岁。未完成的死亡之句是“おもしろき
こともなき世を おもしろく(让这个无聊的世界变得有趣)
有人认为，“为什么会这样？不正常的世界！只是因为他骑马，他觉得马皮圆”这首歌是在戏弄高杉。把它的外表和历史角色联系起来真的很有趣。
高杉晋作是明治维新历史长卷中值得关注的英雄。它的政治生涯是短暂的，但却有声有色，威武雄壮，到处都是惊涛回澜。在幕末各种政治力量重组的过程中，他勤于学习，善于思考，往往未雨绸缪，机智纵横。高杉晋的人生观虽有不足，但其思想却在不断发展和成熟。它的理论和实践始终与时代变迁的脉搏一致，不愧为维新先锋的称号。
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后来，由于木户孝允(桂小五郎)和大村益次郎的要求，晋作被接入靖国神社，与其他革命先驱一起受到表彰和崇拜。
据说晋作于1866年成都々易三千世界の鸦を杀し、ぬしと朝寝がしてみたい"(三千世界鸦杀尽，与君朝睡到天明)对木户孝顺。
伊藤博文在他的突出纪念碑上写道:“如果你想像雷电一样动，像风雨一样动，让人目瞪口呆，无法正视。我比不上东行高杉君。”
有人用“仰天大笑出门，我们这一代是蓬蒿人”来评价他；高杉晋爱酒爱美，也有人评价他为“醉卧美人膝，唤醒天下权”。
高杉晋参加了哪些战役？他的评价是什么？