1895年，中国在甲午战争中失败，被迫切断台湾岛和澎湖岛。南海东北大门开放，日本成为清末中国在南海的最大威胁。日本打着“繁殖产业”的旗号，试图夺取南海的资源。
1901年夏天，日本商人西泽吉在风中漂浮到东沙群岛最大的岛屿东沙岛。当他看到岛上有丰富的鸟粪资源时，他把标本带到台湾基隆进行测试。结果，他发现东沙岛上有丰富的磷矿资源。第二年，西泽吉率领人们进入东沙岛，窃取磷肥并返回台湾出售，引起了清政府的注意。同年，清政府派官员到东沙岛进行检查，并竖立纪念碑作为主权标志。
1906年以后，日本政府推动了所谓的“南水产品”。日本船舶“长风”和“四国”侵入东沙海域，驱赶中国渔民，摧毁中国主权碑，拆毁东沙岛上的寺庙。
疯狂的日本侵略者用铁器挖出岛上100多名中国居民的陵墓，挖出遗骸，焚烧后推入水中。西泽吉在销毁了中国人居住的痕迹后，在岛上悬挂了日本旗帜，声称占据了“无主土地”，并擅自将该岛命名为“西泽岛”。同年，日本渔船南下奔赴南沙群岛掠夺中国渔业资源。日本海军也渴望“护送”日本商人和渔民的侵略活动。据史料记载，1907年冬天，“日本突然从台湾开了一艘军舰和一艘商船，装满了军火和日本人，试图占领我的东西沙岛”，这遭到了中国渔民的坚决抵制。清政府听到这个消息后，与日本谈判，迫使日本船舶返回。
清朝外务部得知日本侵略行为后，责令广东总督张人军查明东沙情况，与日本谈判，并命令南洋大臣派军舰巡逻。
张仁军奉命与日本驻广东领事赖川浅见面。领事狡辩说，如果中国认为这个岛是一个辖区，就必须有地方书记和确切的证据，这个岛应该由何官和何营管辖。此时，被称为中国通的领事得知东沙岛上的寺庙已经被拆除，陵墓已经被摧毁，他认为这是不可对证的。他还自以为是地认为，中国的历史书和地方志只详细介绍了陆地，这对海中岛屿和暗礁一直极其简单，清政府无法提交令人信服的中国管辖证据。在张人骏的努力下，清政府在短时间内找到了证明东沙群岛属于中国的历史文献，如王之春的《国朝柔远记》、英国海军海图官局编制了《中国江海险要图志》等中英文地图。
时任两广总督张人骏
在外交斗争的同时，晚清时期艰难起步、屡败屡战的中国海军也勇敢地肩负着保卫海疆的重任。萨镇冰，曾在威海卫与日军血战的北洋水师（船长），已成长为中国海军的最高将领，担任广东水师和南北洋海军的总监。
1908年，萨镇冰派出飞鹰号兵舰和海关舰只对东沙群岛进行了两次巡逻。飞鹰是19世纪90年代从德国购买的，时速高达30海里，是甲午战后中国海军的主要舰艇之一。黄钟英和其他官兵参观了仍在东沙捕鱼的中国渔民。他们发现，虽然寺庙被日本人拆毁，但基础和石头仍然可以识别，但许多渔民提供了长期生产和生活的证据，指责日本侵略者的暴行。
最后，日本在确凿的人类证据和物证之前保持沉默。1909年，日本被迫承认东沙岛是中国的固有领土，侵占岛屿的日本人撤离，将岛屿归还中国，赔偿中国渔民的损失，并在侵占期间缴纳中国损失的税款。
在抵抗日本侵占东沙的斗争中，中国渔民坚持前线。清朝中央外交机构、地方政府和海军密切配合，进行了勇敢、足智多谋、合理的斗争，在晚清反侵略史上取得了罕见的全面胜利。
此后，清朝更加重视对南海渔业资源和中国渔民的保护。水手李准、副将军吴敬荣、刘义宽率领170人乘坐“伏波”、“深圳航空”船只巡逻西沙和南沙群岛，在永兴岛升旗鸣炮，宣布中外重申南海岛是中国领土。清政府原计划进一步加强南海岛的准备，建立无线电台，但由于1911年革命的爆发，它未能实现。
罕见的胜利：清灭前派舰从日本夺回东沙