控制了江、荆二州的桓玄，以为自己已经拥有了东晋三分之二的领土，多次让人呈现出他可以成为君主的命运象征和吉兆。他打算用这些来迷惑人民，给会计师司马道子写信说:“孙恩的小偷，上次靠近北京郊区，风不好就进不去了，又下了大雨，没有机会用火攻。吃完食物，他们自然会回去。在过去，王国宝死后，王恭并没有乘势统领朝廷的政务，这完全可以看出他的居心，对你没有任何不尊重和侮辱。但是，你说他不忠。在朝中的权贵中，谁享有美誉？怎么能说没有更好的人才呢？只是你不能信任！正是这样日复一日，才导致了今天的灾难。那些朝廷的王公大臣们害怕大祸，不敢说实话，桓玄我有愧于在外地工作，才有勇气揭露这一事实。”
司马元显看到了这封信，又气又怕。
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张法顺对司马元显说:“桓玄凭借家人的名气和资历，已经吞并了尹仲堪和杨泉期，主宰了荆楚地区的广大地区，但你能控制的真的可以算是你的边界，只是三吴之地。孙恩制造了一场灾难，给东部地区造成了巨大的损失，一片荒芜。朝廷和人民的积蓄枯竭，生活尴尬。桓玄将抓住机会展示他的邪恶和凶猛的手段，实现他的阴险目的。我认为这是一件值得我们担心的事情。”
司马元显说：“那我们该怎么办？”
张法顺说：“桓玄刚刚占领了荆州，当地人民的心和情感还没有完全归属于他。因此，他也在努力平静局势，稳定人民的心，没有时间考虑其他事情。如果你借此机会派刘牢之为前锋，然后带领大军进行征兵和镇压，那么桓玄就可以被我们摧毁了。”
正好武昌太守余楷桓玄要和朝廷结仇，担心事情以后不成功。灾难会牵连到他自己。他偷偷派人来，主动投靠司马元，说:“桓玄很不受欢迎，他的下属也不太听他的命令。如果朝廷这个时候派军队征服，那我一定要做内应。”
司马元贤非常高兴。他立即派张法顺到京口与刘牢之商量，但刘牢之觉得很难征服桓玄。张法顺回来对司马元贤说：“当我观察刘牢之的表情时，我必须和我们有两颗心。最好把他叫到首都去杀他。如果没有，他会毁了我们的大事。”
司马元显没有听他的话，只是开始大规模训练水上部队，征兵卒，装备战舰，准备攻击桓玄。
第二年正月，朝廷颁布了一项法令，历数荆州刺史桓玄的罪行。司马元被任命为一名将军，18个州的军事总督，刘牢之被任命为前锋总督。司马尚率领后卫部队内外戒严，准备攻打桓玄。
司马元显想借此机会杀死桓氏家族的所有人。中护军桓修是王生(王导的曾孙)的侄子，王生赢得了司马元显的信任。他告诉司马元显桓修和其他人与桓玄的兴趣完全不同，司马元显放弃了这个想法。
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张法顺还建议司马元贤：“司马桓谦兄弟经常成为长江上游荆州的耳目，为桓玄提供信息。他们应该被切断，以防止未来类似的奸诈阴谋。而这次出军讨伐桓玄，能否达到预期目的，关键在于前锋部队的表现。刘牢之反复无常，万一他那里发生了什么变化，我们就会大祸临头，@ 你可以让刘牢之杀了桓谦兄弟，证明他和我们没有两颗心。如果他不接受命令，我们可以防患于未然。”
司马元不同意地说：“如果没有刘牢之，我们就没有人能对抗桓玄。此外，当我们开始准备发兵时，我们会杀死我们的将军，这很容易让人感到不安。”一再拒绝张法顺的请求，不允许。
他和桓氏家族一代又一代地得到荆州居民的支持。桓冲，尤其是那里的人民，留下了很多好处。桓谦是桓冲的儿子。他将桓谦转移到四个州的军事和荆州刺史，如都督荆州，并计划以这种方式收购西部地区人民的心。
在东部地区，由于孙恩战争的影响，再加上灾难和荒凉的时期，人们又饿又穷，水路的粮食运输无法继续。桓玄趁机关闭并切断了长江通道，导致政府和私人之间的所有物资储蓄都空了。军队只能用一些谷物麸皮和橡树果实来满足士兵们的饥饿。
桓玄知道朝廷正处于多事之秋，有很多事情值得担心。据估计，他们一定没有时间攻击自己。因此，他们可以借此机会积累力量，等待机会。当朝廷征服他的大部队即将出发时，他的表弟桓石生秘密地用信告诉了他这个消息。桓玄很惊讶，打算把所有的部队都聚集在江陵守卫。
长史边范志建议：“明公的名声在远近，但司马元贤是一个乳臭未干的孩子。刘牢志已经失去了人民的心。如果我们率先将大部队开拔到建康附近，并向他指明安全和灾难，那么他们崩溃的趋势就在我们面前。我们怎样才能把敌人引入我们自己的领域，找到麻烦呢？”
桓玄听了他的话，留下桓伟守卫江陵，向朝廷演奏手表，并向世界各地宣布了号召，揭露了司马元显的各种罪行，并向东部挥手。
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号召传到都城建康，司马元显看到后非常害怕。2月，晋安帝为司马元显送行。司马元显因为害怕桓玄，虽然硬着头皮登上了战船，但没有马上出发。
桓玄从江陵出发后，一直担心这次大规模的军事行动无法取胜。因此，他计划随时向西撤退，直到他的军队通过寻找太阳，没有看到朝廷的军队。桓玄非常高兴，其他士兵的士气和士气也振作起来。
虞楷在朝廷内应讨伐桓玄的阴谋泄露，桓玄囚禁了他。
东晋朝廷派齐王司马柔的持有人到荆州、江州和军队展示，告诫他们迅速停止军事行动，被桓玄的前锋杀死。
桓玄到达姑姑后，派冯该等人进攻历阳。根据城市的坚持，桓玄的部队切断了洞浦路，焚烧了豫州的舰船。
豫州刺史司马尚之率领9000多名步兵在洞浦上开战，派杨秋驻扎在横江，但杨秋投降了桓玄的部队。司马尚之的部队立即崩溃，他逃到了涂河，被桓玄抓获。司马休之出城迎战失败，不得不放弃城市逃跑。
桓玄控制江、荆二州后，发兵夺权