黄巾之乱对东汉末年的政局产生了深远的影响。为尽快平息战争，中央政府将军权下放到地方政府，使黄巾之乱无法迅速蔓延到全国，减缓了东汉灭亡危机。然而，地方政府鄙视中央政府，使雄心勃勃的将领或官员利用黄巾混乱中的军事分离，开启了东汉末年军阀混战的序幕，为三国分立种下了远因。在农民起义的打击下，腐朽的东汉王朝名存实亡，最终灭亡。
黄巾起义是中国历史上第三次全国农民革命战争。与秦末和西汉末的两次起义相比，这是一次农民起义，有着周密的计划、长期的准备和明确的目标。与此同时，起义不再使用一些统治者的旗帜，而是公开提出“黄天立”的口号，这表明农民起义有了新的发展。
黄巾农民起义战争的成功经验主要体现在：首先，它提出了一个明确的斗争目标，即消除东汉政权，建立自己的统治地位，在呼吁和团结人民参与起义方面发挥了重要作用。二是利用宗教形式进行起义宣传和组织工作，麻痹政府，积累力量，为起义做好充分准备。第三，起义计划制定得更加仔细和具体。所谓“内外俱起”、“八州并发”反映了这一特点。虽然后来由于叛徒的告密，这一起义计划的实施遇到了很大的困难，但经过张角的果断处置，基本上已经实施，给东汉王朝带来了沉重的打击。四是斗志坚定，宁死不屈，敢于攻坚，勇于牺牲，从而向世界展示了起义战士的斗志和高尚气节。
黄巾农民战争失败的教训也非常深刻：第一，没有远大的战略愿景，不能提出更具体的战略政策；第二，没有建立后方基地和有组织的战斗部队，部队保障有限，战斗行动有限；第三，缺乏统一的指挥和相互合作，导致战区孤立和分裂，以至于敌人占主导地位的主力军都被打破了；4、它不知道在敌强我弱的情况下采取运动战、游击战等机动作战形式的重要性。因此，它热衷于城市的攻防，把起义军的主力放在一个地方，与敌人战斗和消费，直到它耗尽战斗力并被击败。所有这些都是叛军在战略和作战指导上的严重失误，也是导致这场轰轰烈烈的农民革命战争不幸失败的主要原因。
在其影响下，黄巾起义和各族人民起义持续了20多年。由于起义农民自身的弱点，起义被残酷镇压，但在农民起义的打击下，腐朽的东汉王朝已经名存实亡。
黄巾起义的影响：盘点黄巾起义的历史影响