“九阴真经”出现在江湖上，引起了各行各业武林人士的争夺。王重阳、黄药师、欧阳锋、段志兴、洪七公决定在华山论剑。谁赢得了“世界第一”，谁就属于谁。黄药师等人输给了王重阳，但黄药师也获得了五绝之一“东邪”的称号。
然后黄药师娶了冯衡为妻。除了陈玄风、梅超风、曲灵风、陆乘风，早年收到的徒弟还有两个小弟子，武眠风和冯默风。
王重阳去世后，他解释说周伯通将经书上下卷分开藏起来。“老顽童”周伯通在运送《九阴真经》到藏匿地点的路上遇到了黄药师及其新婚妻子冯衡。冯氏以不忘欺骗老顽童真经为假。周伯通愤怒地摧毁了经书，然后冯衡默将《九阴真经》下卷交给了黄药师。
由于黄药师只有下卷经书，自负可以从下卷中自创上卷内功基础，因此发誓如果不练习经中所载的武功，就离不开桃花岛一步。
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陈玄风和梅超风彼此相爱，害怕黄药师的怪癖不同意，决定偷师父的《九阴真经》。后来，黄药师得知，他愤怒地挑断了其他弟子的腿筋，并把他们都赶出了大师。
为了安慰黄药师，冯衡想把经文写出来。但是因为不懂意思，大部分都忘了，所以想了几天几夜写了七八千字，导致黄蓉流产，死了。
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今后，周伯通得知自己被黄药师骗了。为了防止上册经书被盗，他带着《九阴真经》上卷经书去黄药师住所桃花岛追求经文。当时，冯衡已经死了。黄药师因为周伯通的言语相互激励，与他展开了激烈的战斗，用“弹指神通”射断了周伯通的脚。从那以后，他被困在岛上15年了。多年后，黄蓉被发现给周伯通送酒和食物，于是责骂她，黄蓉和父亲愤怒地从浙江北上。
为什么周伯通是桃花岛上的黄药师？ 他和周伯通谁厉害？