“岛原混乱”的直接导火线有两件事：一是岛原农民和三名右后卫没有“年贡”，他们怀孕的儿媳被捕，赤身裸体进入水监，在水监里生下孩子，成人和孩子都死了。另一个是四郎时贞，岛原农民角藏和三吉渡海拜访天草。他们被授予修道士资格。回到岛原后，越来越多的复宗者回来了。恐慌的领主松仓派代理秘密杀死了他们及其18名家属。这种暴政迫使教徒团结一致，开始坚决反抗。天草和岛原相互配合，相互支援，教徒军突然增加到3万多人。并且打了几场漂亮的仗，使官军领导战死，剖腹产，幕府在无奈之下，决定派将军前来消灭。
松平信纲吸取了板仓重昌战死的教训，采用了长期围城等城内弹尽粮绝时再一举攻破的方法。从1月4日围困到2月27日。在此期间，松平信刚尝试了从海上炮击和挖坑的方法，都失败了；四郎时贞的母亲和姐姐被抓作人质，向城市射出瓦解军心的信箭也不起作用。27日，当教徒军看到官方军队没有动静时，他们认为这是安全的，所以他们成群结队地出来捞海草作为食物。官方军队突然出现了。进城后，他们放火了，义军退到了药丸（最里面的城堡）;幕府军于28日上午开始总攻。教徒军打开城门，杀死了他们，包括许多拿着竹矛的妇女和儿童，出城的人都被杀死了。大多数留在本丸的伤兵和妇女儿童都自决了，许多人跳进了火海。他们嘴里念着神的教诲，慷慨地走向死亡。攻入城市的官兵，对着起义的老弱残兵，砍头砍鼻子，怕自己杀人太少。战斗极其悲惨，3万多名教徒几乎一辈子都没有还。
幕府士兵争先恐后地得到了四郎时贞的头。所有砍掉十几岁男孩头的人都希望这是四郎时贞。四郎时贞的母亲被迫确认四郎时贞是正确的。但母亲喊道：“他是天上派来的使者。你杀不了他。现在他已经升天了！”。然而，当另一名官兵带来一个头时，他的母亲忍不住抱住那个头哭了起来：“你这么瘦了。。。你受苦了吗？你太勇敢了！”
[img]19648[/img]
战后，岛原、天草几乎成了无人区，幕府不得不叫许多赞岐(香川县)的农民搬到这里。
幕府认为“岛原之乱”是教徒造反，决定彻底禁教。第二年1639年，禁止葡萄牙船来航；两年后，荷兰商馆迁往长崎，禁止外国船员与日本人交流，从而开始了260年的锁定政策。在此期间，除荷兰、中国、朝鲜船外，与世界其他国家完全断绝了交流。利用信仰的力量，农民有组织、大规模地抵制幕府封建政权，这是农民起义史上的奇迹，在一名16岁男孩的指挥下。
岛原混乱的战争原因：宗教信仰开始威胁政权