战争初期，智利迅速封锁了秘鲁和玻利维亚的海岸，海军是秘密玻璃联合舰队的两倍。1879年5月，智利海军司令威廉姆斯留下军舰“埃斯美莱达”封锁秘鲁要塞伊基克，但被秘鲁海军袭击，“埃斯美莱达”被击沉。同年十月八日，智利舰队在例行巡航中遭遇秘鲁舰队，双方展开了南美历史上第一次铁甲舰决战。智利海军摧毁了秘鲁主要铁甲舰胡阿斯卡号。
早在1863年，秘鲁就秘密与玻利维亚签订了军事联盟条约，以应对即将到来的战争。战争爆发后，玻利维亚政府向中国发布了军事动员令，与秘鲁成立联军，抵抗智利军队。智利军队措手不及，形势曾经被动。
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1879年11月，在六艘军舰的护送下，7000名智利士兵登陆伊基克要塞附近。秘密和玻璃联军抵抗了他们的死亡。然而，当时玻利维亚军队装备不好，印第安人穿着凉鞋和各种服装。他们没有步枪和其他火器，只有原始弓箭和弩，这也使得“南美太平洋”成为世界上最后一场使用弩作战的战争。智利军队获胜，迅速占领了秘鲁塔拉帕卡省的全境。
1880年初，智利军队登陆秘鲁伊洛和帕科查港，通过沙漠占领莫克瓜，在塔克纳和阿里卡两次战役中击败了秘密联军。到目前为止，玻利维亚已经失去了所有的太平洋沿海领土，而秘鲁海军已经被摧毁。
玻利维亚和秘鲁战败的消息传回中国，舆论哗然，政局动荡。秘鲁总统普拉多下台，反对派首领彼得罗拉上台，重组力量抵抗智利。达萨总统玻利维亚被赶下台，坎佩罗成为该国临时军队的领导人。玻璃和秘密紧急组织军队抵抗，以保持秘鲁边境的阿里卡和以北的塔克纳。1880年5月，秘密联盟和玻联军惨败，智利攻下塔克纳，玻军被迫退回本土，从此退出战争。随后，智利军队攻占了由秘鲁守卫的阿里卡港口。到1880
2006年6月，安托法加斯塔、塔拉帕卡、阿里卡、塔克纳等地丢失，这些地方是硝石和鸟粪的主要产区。
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三国代表于1880年6月进行了谈判，但秘鲁拒绝了智利提出的议和条件，只同意暂时停战。出于人道主义考虑，智利允许秘鲁用运输船运送被俘的秘鲁伤兵，但伤兵人数超过了运输船的装载量。智利将“罗阿号”军舰借给秘鲁运送伤员。7月3日，“罗阿号”完成任务，拖着满载秘鲁提供水果的驳船返航时，驳船突然爆炸，伤害了“罗阿号”。智利政府认为这是秘鲁的阴谋，决定采取严厉的报复措施——攻占利马。1881年1月，2.6万智利军队向利马城发起总攻，秘鲁守军只抵抗了两天就四处奔跑。智利占领利马后，掠夺和焚烧利马城，摧毁和偷走珍贵的油画，甚至运送利马图书馆的书籍和动物园的动物。两届傀儡政府相继得到支持。1883
10月，秘鲁与智利政府正式签署了《安孔条约》。
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1883年10月20日，秘鲁与智利在利马北部安孔城签订条约，结束南美太平洋战争。根据《安孔条约》，秘鲁将塔拉帕卡省割让给智利，并将塔克纳和阿里卡交给智利管辖10年。玻利维亚于1884年和1904年与智利签订了《瓦尔帕莱索协议》和《和平友好条约》。玻利维亚失去了安第斯山脉和太平洋沿岸的所有领土，成为一个没有出海口的内陆国家，严重影响了其经济发展。自战争结束以来的130年里，玻利维亚从未放弃要求出海口的要求，由于“出海口问题”，与智利的关系难以改善，两国于1962年断交。玻利维亚为了重获海口，在国际场合不断向智利施压，但从未取得实质性进展。2013年4月，玻利维亚正式起诉国际法院，要求与后者谈判解决海口问题，但智利政府拒绝由海牙国家法院处理，导致两国之间的持续对抗。
南美太平洋战争的详细过程是什么？最终结果如何？