琅琊人孙泰在阶级矛盾尖锐、统治阶级内乱爆发的情况下，用五斗米道组织群众，准备发动起义。398年，孙泰受到惩罚，侄子孙恩逃到海上。
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399年，东晋实际统治者、晋简文帝孙子、会计王子司马元下令征发江东八县“无奴为客”，以充兵役，引起骚动。孙恩率领100多人登陆，迅速发展到数万人，然后陷害了会计。此时，各地的奴隶和大多数破产农民都做出了回应；江东八县地主因利益受损，也抓住机会“一时起步”。
江东八县很快被起义军占领。东晋政府看到起义军的巨大势头，迅速派北府兵镇压。为了避免损失，孙恩带领20多万人返回岛上。此后，孙恩三次登陆，击败晋军，强迫建康。
402年，孙恩最后一次登陆，攻海，不幸失败，投水自杀。余中由他的姐夫卢循领导。到处都是。404年，卢循率领义军用水路占领广州。
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402年春，占据长江中游(今湖北省)的桓玄兴兵作乱，攻入建康，杀死司马道子、司马元显父子、北府兵将领刘牢之，掌握东晋大权。第二年，桓玄称帝，国号楚。第二年，刘裕讨灭桓玄，东晋政权落在刘裕手中。
410年来，刘裕带领军队向北进攻南燕，后方空无一人。卢循乘机从广州出发，分两条路向北进攻，叛军逼近建康。当刘裕带领军队向南压制时，卢循一个接一个地失败了，最后死在了水里。
孙恩和卢循起义已经斗争了12年，并转移到长江中下游以南的大部分地区。虽然起义失败了，但它对东晋的阀门士族造成了沉重的打击。
孙恩、卢循起义:东晋南朝最长的农民起义