准噶尔兴起
准噶尔部是厄鲁特蒙古的一个分支。明清时期，它兴起于巴尔喀什湖以东的伊犁河。清初，准噶尔领导人巴图尔珲台吉和他的儿子和尚格被派往贡品。和尚格哥加尔丹继位后，他仍然是清朝的大臣。
康熙十八年(1679年)，加尔丹被五世达赖喇嘛授予“博硕克图汗”称号，上疏要求清廷确认其汗号，并授予印章。但是，按照蒙古传统，加尔丹并不是成吉思汗黄金家族的后裔，不能使用可汗称号。理藩院以厄鲁特部称汗者不得入贡为先例，指责噶尔丹“擅称汗号”，但又允许其纳贡。在接下来的几年里，加尔丹出兵征服了天山南路的叶尔羌汗国，征服了吉利吉思(布鲁特)、费尔干纳盆地，打破哈萨克部落，开始称霸中亚。
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喀尔喀内乱
清初，在漠北游牧的喀尔喀蒙古分为三个部落：扎萨克图汗、土谢图汗和车臣汗。它们被称为“外喀尔喀”，即清末以外的蒙古。这三位领导人都是“汗”。他们的部长属于清朝皇帝，但不受大陆官员的直接统治。
康熙二十三年(1684年)，扎萨克图汗发生内乱，部分属民逃往土谢图汗。扎萨克图汗成根向土谢图汗察珲多尔济要求逃逸人口，察珲多尔济不和，两人反目成仇。不久，他的子沙喇继位了。康熙二十六年(1687年)，加尔丹与沙喇结盟，共同对抗土谢图汗。察珲多尔济侦知沙喇动向，于是联系阿拉善罗卜藏根布拉布坦，决定先发制人。
康熙26年(1687年)秋，土谢图汗察珲多尔济率领1万名士兵袭击札萨克图汗沙喇，将其杀死，喀尔喀陷入内战。噶尔丹的弟弟多尔济扎布也被察珲多尔济和罗卜藏的布拉布坦联军杀害。噶尔丹乘飞机向东挥手，将喀尔喀三部分置于准噶尔统治之下。
三征噶尔丹的历史背景：噶尔丹利用草原内乱崛起