南北榜案在一定程度上体现了全国统一形势发展中南北政治平衡的要求，也体现了朱元璋打击和限制江南地主的一贯政策。这一事件开启了明朝分南北取士的先例，洪熙后定制。
在一定程度上普及文化教育，提高落后地区考生的学习热情，平衡政治关系，甚至维护国家统一，在少数民族地区推进科举制度。
然而，朝廷的政治事务大多由精于理学的南方儒家思想控制，而理事人已经消失了，明朝的政治事务逐渐趋于腐败和混乱。自“南北名单”划分以来，除了师生关系（教师和学生）外，明朝官场的官员关系也越来越激烈。同一时期名单中的候选人在地区之间的疏远尤为明显。
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即使是从同一个名单上出来的考生也逐渐成为常态。明朝万历时期的大臣邱瞬曾总结道:“现在朋友党有三条路，一条出在同一个名单上，另一条出在同一个名单上，第二条出在座位上，第三条出在同一年。”相反，“乡党”关系高于师生关系。
从万历末期到天启初期，后人批评的“党争”朝中分为“齐党”、“楚党”、“浙党”相互攻击，“分榜”制度，确实是其温床之一。
明初南北榜事件的影响:间接导致后来的党争