肥前国的岛原半岛是由著名的松仓家族领导的。当时，松仓家族主管是松仓的赢家。他是一个冷酷无情、贪得无厌的家伙。在宽永14年（1637年）秋季，三代将军家光在位，岛原半岛及其南部肥后国天草群岛造成了巨大饥荒。然而，松仓胜家仍然按照旧例征收年贡，并残酷地处决了几名无法支付年贡的农民。
农民生活在死亡的边缘，沉默已久的天主教信仰再次抬头，越来越多的人秘密信教逃避残酷现实。松仓胜家发现此事，在领内进行了大清洗，逮捕了许多教徒，要求他们举行“踏画”仪式。所谓“踏画”，就是把刻有耶稣受难像的木牌扔在地上，让怀疑是信徒用脚踩的非天主教徒，或者信徒虽然有悔改的心，否则会被处以火刑。这种方法不是松仓胜家创造的，而是幕府制造并到处推广的无聊花样。
阶级压迫和宗教迫害的双重利刃加在岛原人民身上。他们别无选择，只能冒险。10月20日，岛上原来的马村一个接一个地起床，杀死了松仓的代官林兵右卫门，攻破了藩武器库，包围了松仓的城市——岛原城。天草群岛也在27日爆发，与岛原南北呼应。天草群岛是肥前国唐津著名的长保飞地。唐津藩代官三宅重利领兵镇压暴乱，11月14日被一井打败，身居异地。富冈城被天草包围。
消息报到江户，德川家光将军大为恼火，立即派重臣板仓重昌到九州，纠合附近诸侯前往征伐。岛原、天草一闻报，结合为一，后退到废弃的原城，笼城固守。根据考古发现，在“岛原、天草之乱”爆发之前，原城很可能被废弃，基本的土木墙还没有平整，给了一军一个完美的基地。有趣的是，一军首领是一个十六岁的少年，俗称天草四郎时贞。据说这个英俊的少年是上帝派来拯救生活在水深火热中的日本天主教信徒的。他有很大的神力，所有的信徒都尊重他为“天人”、“天使”，只有四郎时贞马首是瞻。
天草四郎，在一些记载中也写了大矢野四郎或江部四郎，据研究，他原来的苗字应该是益田，是小西行长的家臣益田的好儿子。本名益田时贞，父亲益田好次是小西行长的家臣。后来，时贞被过继给天草甚兵卫，改名为天草时贞。天草自小聪明，有神童之称，外表帅气。一位相士曾对天草说：“阁下面相尊贵，本该掌握世界，可惜出生在德川时代，难成大事。”
关原合战后，小西行长被斩首，领土发生了变化。他的家人和大臣们分散成了浪人。据说四郎时贞从小就住在长崎港，虔诚地相信天主教，向生活在日本的荷兰人学习西医——所谓的神奇力量，可以活死人，肉白骨头，可能不是完全毫无根据的。
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此外，重昌板仓来到岛原城，集合了松仓胜家、锅岛胜茂、马丰氏等周边诸侯，集合兵马，向原城发起猛烈进攻。一开始，重昌并没有把一井放在眼里，认为那些乱七八糟的农民无拳无勇，根本不懂打仗，怎么能成为幕府军的对手呢？然而，连续两次总攻未能成功，但自己遭受了重大损失。重昌忍不住汗流浃背，意识到原城一定有深通兵法的人。
北九州地区是天主教传播的中心地区。战国后期，大量平民甚至武士皈依天主教。这些人在“殉难”后被迫潜伏，利用这场动荡再次抬头。因此，不仅有成千上万的农民坚守原城，还有许多信奉天主教的浪人——四郎时贞首先是这些浪人的领袖。第二年是宽永十五年(1638年)，元旦那天，板仓重昌硬着头皮发动了第三次总攻，却在原城下流弹而死。因此，士气高昂，到处都传说着岛津、伊达等强藩将呼应，一举消灭德川幕府迫害天主教徒的谣言。而将军家光则派出了第二名联军统帅，那就是众重臣松平伊豆守信纲。
松平信纲一直很聪明，被称为“智慧伊豆”。在仔细观察了前线的情况后，他意识到原来的城市防御很强，一个战斗很勇敢，绝对不能硬攻击。因此，信纲指挥了黑田、锅岛、立花、细川、水野、马等十多个附属联盟，牢牢地封锁了原来的城市，切断了供应，想把所有的东西都困死，饿死。
四郎时贞也希望长崎的荷兰人前来救援。然而，在松平信纲的指挥下，荷兰炮船于1月11日前往原城附近的海面，然后向城市开了几枪。一方面，它告诉城市里的一个人，海已经被幕府封锁了。我不认为有人能逃跑。另一方面，我也希望在心理上瓦解一个人的斗志——天主教有什么可信？上帝有什么用？荷兰人也相信所谓的“上帝”，不也是你的敌人吗？
松平信纲的战略取得了成效，原城粮草越来越少，一井被迫开城夜袭幕府军阵营，信纲早有防备，惨败。不仅如此，松平信纲还通过审讯俘虏了解了城市的内幕，于是于2月28日展开了第一次总攻击。在一场绝望的抵抗下，幕府军付出了3000人死亡和数万人受伤的巨大代价。然而，原来的城市终于被抓获了。城里剩下的2万多人，无论男女老少，都被残酷屠杀——四郎时贞等人也在其中，几乎没有人能逃脱生命。
岛原混乱的影响：岛原、天草等地的混乱