6月2日上午，明智的叛军包围了本能寺。当时，只有几十个姓小的人跟随织田信长。据说信长最初猜测：“城市介绍人有异心吗？”城市介绍人指的是秋田城市介绍人，即其长男织田信忠。信忠就在眼前。信长可能想到了他岳父斋藤道三的过去，认为他的儿子想夺取权力，篡夺王位。可以看出，他对光秀的叛逆没有心理准备。
战斗首先从马厩开始——大概光秀怕信长会夺路而逃，所以要先控制马厩。小姓二十四人，包括矢代胜介、伴太郎左卫门、伴正林、村田吉五等，都在这里战死。@ 听到这个消息，寄宿或住在附近的汤浅甚介、小仓松寿等人来救驾，试图突入寺庙，都英勇牺牲。很快，织田信长本人出现在明智的士兵面前。他与最后一位亲信森兰丸、森力丸、森坊丸、小河爱平、高桥虎松、针阿弥等人一起战斗，最终受伤退入内室。不久之后，内室燃起了熊熊的火光，一代霸主在火中灰飞烟灭，时年49岁。
信长的最终死亡记录大不相同。信长公记说:“信长公拿弓放箭，只放了两三发，弓弦断了；然后用长枪作战，结果肘部被敌长枪伤害。信长公知道了，就命令身边的女人逃跑。这时，皇宫里已经着火了，很难看到信长公的最后一个身影。我以为他在皇宫深处自杀了。”
弗洛伊士的《日本史》说:“执行这项特殊任务的士兵一起进入内部，找到刚洗完脸和手，用手巾擦身体的信长，一箭射中背部。信长拔出箭，拿起镰刀般的长枪，名叫剃刀的武器迎战。据说经过长时间的战斗，信长的腕部被枪弹击伤，退到自己的房间，关上门，在里面割腹。还有人说他亲自在皇宫放火，被活活烧死。然而，火势太大了，恐怕我不知道他是怎么死的。”
从明智方的角度来看，翁草记载说：“信长公穿着白色单衣，先用弓箭迎敌，因弓弦断裂，便找枪打仗。一个穿着红衣的二十七八岁女子拿起十字枪去鞘，信长公持枪跳下广庭，与三人搏斗。三人一直把信长公逼进房间，房间里的蜡烛还没熄灭，信长公的身影映在障子上。安田作兵卫(即上述天野源右卫门)用长刃枪穿透障子刺伤信长公右腹。信长公自尽地进入宿舍。”
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信长在本能寺去世时，他的长男织田信忠就住在不远处的妙觉寺里，离本能寺只有600米远。当时，明智军并没有包围妙觉寺。信忠从京都所司代村井贞胜的父子处得到谋反的消息，立即赶往京都第二皇所。据说信忠认为：“谋这样大逆的贼党，一定已经守住了每一个重要的路口，一旦路上遇到就不好了，还是不要徒劳。织田信忠最大的错误就是没有及时逃到安土或其他坚固的城堡。
从明智光秀没有同时包围妙觉寺的角度来看，光秀叛变的动机很可能是一时冲动。1582年5月是小月，只有29天，第二天是6月1日，明智光秀在28日举行连歌大会时还没有决定杀君。这三天，明智光秀身上到底发生了什么？从本能寺事变后的行动来看，明智光秀似乎并不渴望篡夺世界。事件当天，他固执地寻找信长的尸体，下午离开京都前往安土。只有通往安土的桥被信长家臣破坏，光秀只能回到自己的城市。回到城市后，光秀发出了许多信件。大多数收件人都是与信长敌对的名字，但人们事先没有收到任何内幕消息或知会（这似乎是战国时期的一种违反常识的行为）。大多数人都在墙上观看，一动不动。
两个御所是信长一力支持的诚仁亲王官邸，建得相当坚固，信忠退守这里时，身边大约有三五百人。明智军很快包围了两个皇家研究所，村庄建议让诚仁王一家退出皇家研究所，以免遭受池鱼——“京都司代村庄宫殿和继承人（指信忠），根据他的言论，儿子（指皇帝，儿子指诚仁王）骑马，派使者到外面的街道，问他们想做什么，是否想切腹部。明智似乎无意中对殿下采取了任何行动，希望立即让殿下离开御所，只是为了防止殿下(指信忠)混在一起逃跑，他回答说马和车不能离开。里面的儿子收到报告后，带着妻子去了他父亲的宫殿。“(日本史)亲王离开后，明智军立即对两个皇室发动猛烈攻击。知道没有理由幸免，织田信忠及其下属进行了殊死抵抗，光在大门口就激战了一两个小时，使明智军付出了意想不到的惨重代价。然而，众寡之势悬殊，明智军终于突破大门，将信忠逼退大殿。信忠和他的兄弟胜长（信长的第五个儿子）互相争斗。据说信忠精通剑术，甚至斩断了明智的将军。勇敢就像当年的“强情公方”足利义辉。
损失惨重的明智军，爬上两个皇室旁边太政大臣近卫前久官邸的屋顶，从这里居高临下，向信忠等人发射箭箭和枪弹。这个角度是信中军无法抗拒的，火器也点燃了皇宫的大火。于是信中命令下属镰田新介担任自己的介错，要求他事后揭开走廊地板，把尸体藏在下面，命令他切腹自杀。因此，明智军没有发现信忠的尸体，而是在红莲烈焰中与皇宫一起归为灰烬——享年仅26岁。
在两个皇室的战斗中，信忠方的死者不仅是信忠兄弟，还有信忠的叔叔津田和十郎长利、津田勘七、津田九郎二郎元嘉、津田小藤等。村井父子三人(贞胜、贞成、传次)，信长追求菅屋长赖、福富平左卫门、野村三十郎、马回众团平八、斋藤新五郎、坂井越中、毛利新介等。也有几个人侥幸逃脱，包括信长的弟弟和大茶人织田有乐斋长益。据说他是从墙上架枪的洞里钻出来逃跑的。因此，《当代记》说长益“为时人所恶”。
本能寺变化的结局:魔王织田信长第六天陨落