1449年，足利义政成为室町幕府第八代将军。他沉迷于葡萄酒，忽视政治事务，导致社会动荡。德政暴动不断发生在各地，将军权力逐渐下降。幕府实权旁落重臣，实力雄厚的守护名人细川胜元，山名持丰(又称山名宗全)。
足利义政早年无子，1464年以弟足利义为继承人，以细川胜元为保护人。第二年，他的妻子日野富子足利义尚，以山名持丰为保护人。两者争夺继承地位的斗争分裂了中央势力。在守护大名各领国内，地方领主力量不断增强，并干预了守护大名的继承纠纷，因此守护大名的势力也分裂了。以细川胜元与山名持丰的对立为中心，中央与地方封建势力的分裂日益加剧。
1467年1月18日，京都发生了一场武装冲突，山名持丰助山义获胜。以此为导火索，细川胜元和山名持丰各自动员援军进入京都。在细川方面，有斯波义敏、田山政长、赤松政则、京极持清等，大本营在将军驻地幕府，称东军。在山名方面，有斯波义廉、田义就、一色义直、六角高赖等，大本营位于幕府以西的山名，称为西军。五月二六日，两军开始大战。起初，东军稍强。八月，大内政弘率军2万东上京都，支援西军，十月在相国寺激战，未决胜负。此后，京都地区的战斗进入胶着状态，战争逐渐蔓延到地方。战争期间，东军控制了将军的足利义政、后土皇帝和后花园皇帝，而西军控制了南朝后龟山皇帝的义视和孙子孙女。双方都以自己为正统，称对方为贼军。
长期战争极大地消耗了双方的实力。当地武士借此机会扩大领土，争夺领国统治权，有的甚至试图夺取守护大名的地位。在京都作战的守护大名对此深感不安，导致厌战。
两军首脑于1472年开始和谈。1473年，持丰和胜元相继死亡，和谈加速，次年4月达成和议。但由于赤松政则、田山义与大内政弘反对，未能实现。1477年9月，由于领国不稳，田山义带领军队返回河内。在幕府重新承认他对周防、长门、丰前、筑前等领国的统治权后，大内政弘于11月率军退出京都，战争基本结束。应仁之乱中，京都大多化为焦土，相国寺等古建筑和许多艺术珍品被破坏，人们备尝离乱之苦。战争结束后，幕府将军、守护大名和庄园领主贵族的力量变得更加弱化，日本历史进入了战国时期的新兴战国时代。
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应仁之乱的背景:战国时期战国名人混战