然而，英国、荷兰和早期航行的老天主教国家在西部和葡萄牙之间存在着许多矛盾。因此，前者在家康面前诽谤，说天主教传教士是试图将日本变成殖民地的西部和葡萄牙国王派来的间谍。家康不满天主教宣传上帝的无所不能，稀释世俗领主的权威，然后看到许多九州诸侯通过西部、葡萄牙等国家获得了大量的材料和武器，认为如果没有限制发展，将动摇幕府的统治基础，碰巧在这个时候，著名的“冈本八事件”，促使家康发布禁令。
此外，庆长15年（1610年），马青新与葡萄牙商船耶稣号发生冲突，最终击沉了耶稣号。青新向幕府表示了自己的成就，并将其献给了老中本多么纯洁的家臣冈本八大财产。我希望大八能帮忙说话，恢复马的旧领土。然而，冈本大八接受贿赂，但拒绝做事。马青信越急，就越愚蠢，直接催促本多纯贿赂。幕府将冈本大八放入监狱，严刑拷问，大八反咬一口，提供了许多与传教士和西葡商人勾结的违法行为。于是幕府以火刑处死冈本大八，马晴信先是流放到甲州都留郡，然后命令他切腹自杀——作为天主教徒的晴信拒绝自杀，命令家臣自杀。
德川家康以“冈本大八事件”为导火索，对天主教的反感越来越强烈。不久之后，他发布了第一份“禁教令”，严禁在幕府直辖领地和马氏老领传播和信任天主教。庆长17年(1612年)8月，禁教范围扩大到日本，各地教堂相继被破坏，日本天主教徒被逮捕，信仰被迫改变。拒绝改变信仰的教徒被流放和处死——其中148人被流放到马尼拉，包括著名的切支丹名山右近、内藤如安等。
元和二年(1616年)8月，第二代将军秀忠发布第二项“禁教令”，残酷迫害天主教徒。许多人拒绝改变信仰，被活活烧死。历史上被称为“大殉教”。元和六年(1620年)，又发生了“平山常陈”事件，标志着日本正式开始“锁国”制度。
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平山常陈本是朱印船的船长。他乘船是一艘中国平底船。在从马尼拉回到日本的路上，他被荷兰船误认为是一艘中国船，并被逮捕。在搜查平山船时，荷兰人意外地发现了两名西班牙传教士，所以他们把宝地献给了德川幕府。经审讯，幕府将平山常陈和两名传教士全部处以火刑，其余12名船员全部处决。
从那时起，宗教迫害扩大到贸易限制。葡萄牙人首先被驱逐，然后是英国人。最后，西班牙船只被禁止在宽永元年（1624年）航行。除了朱印状，日本船只还必须在出海前获得“老中文书”。所有住在国外的日本人也被禁止回国并立即处决。
日本基本上切断了南蛮贸易。唯一的例外是荷兰人。荷兰东印度公司在日本设立了分支机构，向幕府保证永远不会传播基督教。与此同时，荷兰商船一到日本，商场馆长就立即向幕府提交了荷兰风格的声明，以报告海外情况。然而，即使是荷兰人也只允许在长崎的岛上建造商店，而不是在日本大陆，甚至中国船只允许停泊在长崎港。可以说，只有长崎在日本半对外开放，幕府通过直接统治长崎垄断了所有对外贸易。
如果有压迫，必然会有抵抗。在这种禁教锁国的背景下，震撼人心的“岛原天草之乱”爆发了。
岛原混乱的原因：幕府与平民之间日益激烈的矛盾