汉武帝统治时期的官法十分严厉，再加上汉武帝生性残酷，所以在统治上也多用严厉的惩罚犯错的人。严刑拷打必多冤狱，连司马迁这样的清官也没能幸免。司马迁之被判宫刑，用今天的话来说，太老实了。当时李陵被单独围困，导致弹尽粮绝，无奈之下不得不投降匈奴，成为战俘。汉武帝为此大怒，墙头草样的大臣们也来不及继续恭维李陵，反而纷纷进言对李陵表示不耻。汉武帝问司马迁关于太史令的意见，但司马迁坦言，李陵一直是一位勤奋、仁慈、忠诚、爱国的好士兵。他怎么能说投降就投降？他可能还在想，哪一天他能回到朝廷，忠于国家。司马迁所说的违背了汉武帝的意思，于是汉武帝将司马迁打入了铁牢。
后来，汉武帝派公孙敖去匈奴接李陵。公孙敖无功归来，怕汉武帝怪罪。公孙敖诬告李陵在匈奴训练，奉单进攻长安。汉武帝信以为真，愤怒地下令杀死李陵一家的妻儿老小，为李陵说话的司马迁也因此受到牵连，按法当斩。然而，当时汉朝可以用宫刑代替死刑。司马迁心中仍有宏伟的理想和祖先的遗愿。因此，司马迁选择接受宫刑，挽救生命。正是司马迁的选择，后人才能看到经典史记的巨大。司马迁忍辱负重，承受着普通人无法想象的痛苦。中国人很幸运能完成这项工作。
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司马迁的出生日期不明。公元前99年，司马迁被李陵投降匈奴时，司马迁被捕入狱。目前还不清楚司马迁的年龄。但司马迁在此之前也有过生育能力。有两个儿子和一个女儿，司马迁的长子叫司马林，次子叫司马观，还有一个女儿，名字无法验证。司马迁参与了李陵的正义言论。司马迁的两个儿子逃跑了，改变了姓氏，以避免奸人的迫害。长子司马临在“司”字上加了一笔，变成了“同”，叫同姓。而次子司马观则是将“马”字加两点，变成“冯”，变成冯姓。
此外，司马迁的女儿后来嫁给了宰相杨敞。杨敞和司马迁的女儿有两个儿子，长子杨忠和次子杨云。杨云从母亲那里得到了祖先写的《史记》。从一开始，他就被这本书的内容深深吸引住了。他放不下，一字一句地读完了这本书。之后又看了好几遍，一看这本书杨琏就忍不住流下了眼泪，为外祖父的厄运感到惋惜。到了汉宣帝时期，杨云被封为平通侯。当时朝政清明时，杨云把这样的工作拿出来献给了汉宣帝，这让《史记》多年后重见天日。司马迁在生孩子之前并没有遭受宫刑，在子女上司马迁也算是没有断过司马家的香火。但司马家族世代都是史官，司马迁的儿子再也没有继承父业继续做史官了。司马迁是中国古代最有成就的历史学家之一，也是一位非常杰出的作家和思想家。历代有许多文人对司马迁的评价。
另一位汉代史学家，用《汉书》的班固评价司马迁说，司马迁写史不虚美，不隐恶。这句话可以说是一句话，司马迁的“实录”精神也成为后世许多史学家记史写史学习的榜样。唐代大作家韩愈和刘宗元也对司马迁进行了评价。韩愈高度赞扬司马迁的才华，司马迁的《史记》也成为韩愈诗歌创作的样本。柳宗元则评价司马迁说司马迁写的文章自然，滴水不漏，连几天一个字都不能。
宋元时期，许多作家对司马迁的文章和风格赞不绝口。南宋史学家郑樵评级《史记》说“六书之后，只有这本书”。明清时期，金圣叹对小说与《史记》的联系进行了深入的研究，认为“水浒传”的方法就是从《史记》出来的。梁启超还说:“史界太祖，推司马迁。”梁启超对《史记》的依赖度很高。他认为史记的叙事可以清晰有序，思维细致是非常罕见的，他说:“所有的学者都必须阅读。”。
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在现代，许多文人和伟人对司马迁和《史记》给予了高度赞扬。鲁迅先生评论说，《史记》是“史家的绝唱，没有魅力”。毛泽东主席还在他的文章中引用了司马迁的话作为鼓励，并向人民推广。司马迁在历代都得到了很高的赞扬。可以看出，司马迁和《史记》确实是中华民族的文化瑰宝。
司马迁在被判刑前有后代吗？他们有牵连吗？