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1399年8月，燕王朱迪誓师抗命，下甲士兵，打着“清君侧”的旗号起兵“靖难”。史称“靖难之战”。朝廷和燕王之间开始了血腥而持续三年的军事对抗。在叛乱开始时，燕王并没有占据军事优势。他的军队只有10万人；除了他的封地北京，他没有控制任何其他领土。南京建文朝廷拥有三倍于燕王军队的常备军，拥有全国经济，废除了几个藩国。然而，燕王的领导能力和高素质的军队却无与伦比。随着战争时间的延长，朝廷指挥不当、兵力薄弱、内部松懈的缺点严重影响了战局。许多将领投降了燕王，直到他们节节败退。
朝鲜国王李芳远公开表示支持朱允文打燕王，建文朝廷从朝鲜输入了许多战马，以增强其战斗力。然而，这些方法并没有影响失败的战争结果。
建文四年六月，燕军渡江直接进入南京城下，谷王朱(huì)与曹国公李景隆开金川门迎降，京师遂破。燕兵进京，在燕王军队到达后的一场混战中，南京的皇宫大院起火。火势扑灭后，灰烬中发现了几具烧焦的残骸，无法辨认。据太监说，他们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。朱迪登位后，将忠于建文的诸臣剥皮，下油锅下油锅，将女眷罚到教坊司当官妓，实行残酷的“转营”，即轮流送到军营。一个女人每天一夜都会被二十多个男人羞辱，情况也会经常向朱迪报告。如果她被摧毁，朱迪会给她的尸体喂狗。
但朱云文的下落最终成为一个悬而未决的案件。没有人能确定他是否真的被烧死了；后来，有同情心的历史学家说，他假装是和尚，逃离了南京。当然，官方记录只能说皇帝和他的长子死于困境；否则，燕王就不可能成为皇帝。朱云文最终的真正命运仍然是一个谜。
《明史·成祖本纪》和《明史·方孝儒传》都持此说法。
把头发剪成僧说。清代名人吕安世、近人蔡东藩等认为燕军破城后，建文帝无可奈何，于是想一死。这时，少监王越告诉他：你爷爷临死时，给你留个铁箱，让我在你大难临头的时候给你。我一直在奉先殿秘密收藏它。群臣赶紧把箱子抬起来，打开一看，里面有三张度牒，就是做僧人的身份证，上面写着建文帝等三个人的名字。还有三件僧衣、一把剃刀、十锭白金和一封遗书，上面写着：“建文帝从鬼门出来，别人从水关御沟出来，晚上在神乐观的西房聚会。据此，建文帝三人剃了头，换上了讨厌的衣服，只带了九个人来鬼门。鬼门在太平门内，是内城的一扇小矮门。建文帝只允许一个人进出水道。建文帝弯着身子走出鬼门。其他八个人走出鬼门后，看到一艘小船停在水道上。船上站着一个和尚。和尚向他们打招呼上船，并向建文帝磕头。建文帝问他怎么知道我有困难。和尚回答说：“我叫王胜。这是上帝乐观的住所。昨晚，我梦见你的祖父朱元璋。他是个和尚。他让我在这里等着，接你当和尚。到目前为止，建文帝似乎把头发砍成了僧侣，继承了祖业。
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@ 据《明史姚广孝传》和《胡明传》记载，明成祖朱迪成为皇帝后，也怀疑建文帝自焚而死。有人告诉他烧焦的尸体是马皇后的，建文帝把头发剪成和尚逃走了。他逮捕了建文帝的主录僧溥洽，关进监狱十多年，迫使他供认建文帝的下落。并派郑和去西洋“寻找踪迹”。派户科在事件发生时，胡浩遍行县、乡、邑16年，寻找建文帝的下落。直到朱迪死前一年的一个晚上，他才睡着了，但听说胡浩回来了，赶紧穿上衣服，在卧室里独自召见。胡访问建文帝离开紫禁宫后，他把头发剪成了僧侣。他既没有乐观，也没有去西南和东南避难。相反，他被僧侣溥洽救出，一直藏在江苏省吴县普洛寺。从那以后，他一心成为僧侣，无意复国。近年来，徐作生还指出，永乐21年(1423年)，建文帝死于江苏省吴县穹顶山，46岁，埋在皇驾庵后面的小山坡上。
也有人指出，建文帝自焚的死亡是历史上的真理。当时，燕军兵在城下包围了紫禁宫。建文帝逃跑已经太晚了，更不用说没有鬼门和御沟了。建文帝也知道他的四叔是个贪权无厌、残忍无情的武夫，落在他手里绝对没有好下场，不如以死为上策。燕王朱棣也绝不会让建文帝活下去，否则，他将无法成为皇帝。朱棣为了不留下“杀侄夺位”的臭名，故意苦心寻找建文帝的下落，留下了历史疑惑，这可能是朱棣用心的机会。
综上所述，朱棣即位后下令搜寻建文帝，这是历史事实。但他的真实用心和建文帝的真实下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜。各种词书字典，也只能注明；“建文帝不知道该怎么办”。尽管朱棣声称在宫中找到了建文帝的尸体，并为他举行了葬礼，但朱棣并不敢掉以轻心。溥洽是建文帝的主录僧，《明史姚广孝传》记载“初，帝进南京，有言建文帝为僧逃走，溥洽知状，或言匿溥洽所。皇帝以他事禁溥洽。中间，溥洽坐系十几年。"直到姚广孝病危时要求朱迪释放溥洽，溥洽才获释。
据野史记载，建文帝离宫后出家为僧，云游四方。有一首诗:“读完之后，我懒洋洋地敲了敲，笑着看着黄屋送勺子。南方的山脊有千层，北方的天门有千里之遥。段久忘飞凤战，法衣换成龙袍。今天官员们知道在哪里。只有鸟早晚朝。”有传言说这首诗的作者是建文帝，但没有得到证实。
另一种说法是建文帝逃到东南亚，野史传闻郑和下西洋的任务之一就是寻找建文帝。
2006年6月，一些学者发现他们怀疑这是建文帝的踪迹。新华网引用江西省学者官涛表示，建文帝在“靖难之变”后与随从隐居江西三清山，化名为“詹碧云”的全真道士，死后埋在三清宫。
惠帝朱允炆下落之谜，出家为僧还是隐藏在山水中