三星堆遗址及其出土文物的许多重大学术问题仍然是一个难以解释的谜。虽然专家学者一直在争论“七个永恒的谜”，但由于没有确凿的证据，它最终成为了一个悬案。
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三星堆文物
第一个谜，三星堆文化从何而来？目前，人们认为三星堆文化是土著文化与外来文化融合的产物，是各种文化互动影响的结果。但它来自哪里呢？
第二个谜，为什么三星堆遗址居民的家庭成员？目前，有不同的观点，如彝族、濮人、巴人、东夷和越人。大多数学者认为，岷江上游的石棺葬文化与三星堆密切相关，其主要居民可能来自四川西北部和岷江上游的彝族羌族。
第三个谜，三星堆古蜀国的政权性质和宗教形式如何？三星堆古蜀国是附属于中原王朝的部落军事联盟，还是建立统一王朝的相对独立的早期国家？它的宗教形式是自然崇拜、祖先崇拜还是神圣崇拜？还是两者兼而有之？
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三星堆文物
第四个谜，三星堆青铜器是如何产生高超的青铜冶炼技术和青铜文化的？蜀国是独立发展的，还是受中原文化、荆楚文化或西亚、东南亚等外国文化影响的产物？
第五个谜，三星堆古蜀国为什么会产生，持续多久，为什么会突然消亡？
第六个谜，出土几千件文物的两个坑是什么年代和性质？有商代、商末、周初、西周、春秋战国等争论。，而且对祭祀坑、墓葬坑、器物坑等有不同的看法。
第七个谜，晚期蜀文化的主要谜“巴蜀图”。三星堆出土的金杖等物品上的符号是文字、民族徽章、图片还是宗教符号？可以说，如果解开“巴蜀图”之谜，将极大地促进三星堆之谜的解决。
神秘的三星堆:三星堆七大千古之谜