随着东晋朝的崩溃，桓玄是盟主的诸藩镇占据了建康以西的州县。朝廷政令只能在东方会稽、临海、永嘉、东阳、新安、吴县、吴兴、义兴八县执行。所有残酷的剥削自然都集中在八县人民身上。司马元显示，他为王恭等人的进攻辩护。他把东方县的“无奴为客”人聚集在建康当兵役，被称为“幸福家庭”。这也引起了地主和房客的怨恨。
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东晋十六国五斗米道徒士孙恩乘民心动。399年，他率领100多名海岛徒弟攻破上虞县和会稽县，部众突然增加到数万人。其他七郡同时起事，攻杀晋官，响应孙恩，不到十天，孙恩就有数十万人。孙恩的徒党被称为“长生不老”，是一群奉五斗米道的亡命无赖。孙恩和这群人不遗余力地屠杀和掠夺。会稽是王羲之、谢安等北方士族聚居的著名县。吴郡和吴兴是南方士族的中心住所。这三个县被称为三吴，是东晋经济文化发达的地区。当然，士族所在地的人受到士族的压迫是无穷无尽的，他们对士族的仇恨自然是无法抑制的。愚蠢而疯狂的野心家孙恩和其他人利用人们的愤怒，纵容党杀人，甚至婴儿也无法避免死亡。
晋将谢燕刘牢之率兵进攻，孙恩徒党在诸郡烧仓库，毁房，塞水井，砍树，掠夺妇女财产，都逃到会稽郡。谢燕收复义兴吴兴两郡，刘牢之收复吴郡，进入浙江边。孙恩一开始听说诸郡响应，对徒党说，世界没事，我带你去建康享福。后来听说刘牢之来到浙江边，对徒弟们说，我割据浙江东部，还可以做越王勾践。当刘牢之军渡过浙江时，孙恩对徒弟们说，我不以逃跑为耻。孙恩俘虏了20多万男女逃往岛上。此后，孙恩连年从海路入侵。401年，孙恩率船师10多万人从海路突袭京口，逼近建康。司马道子惊呆了，不知所措。赖刘牢的部门勇敢地攻击了刘裕，打破了孙恩军。刘牢之等援军赶到建康，孙恩多次战败，逃往岛上。402年，孙恩入寇临海郡，被晋兵击败。孙恩穷困投海自杀，徒党和妓妾说他成了水仙，跟着100多人投水。三四年来，被孙恩俘虏的二十多万人要么战死溺死，要么被贩卖为奴隶，到孙恩死时只剩下几千人。孙恩连年从岛上入侵，前后数十战，杀死数万人。
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京口是从北方各地流亡的士族和人民聚居的地方，被称为北府，与历阳同为扬州重镇。居民风俗强烈，敢于参军。谢安辅政，举谢玄为将。谢玄在京口招兵，得了勇士刘牢等人。刘牢常领精锐当前锋，战无不胜，被称为北府兵。在飞水大战中，傅坚军崩溃，晋军前锋5000人，是刘牢之率领的北府兵。399年，刘牢攻打孙恩，刘裕在刘牢下当小军官，勇敢善战，屡立大功。刘牢的下属，抢劫财物，比盗贼更凶猛，独刘裕约束下属，纪律严明，大得民心。从此，刘裕成为北府兵的著名将领，主要是刘裕的功绩，摧毁了孙恩卢循。
孙恩死后，余中推卢循为首领，被刘裕追赶，泛海逃亡。404年，卢循攻占广州，年复一年入侵。410年，他带领10多万士兵接近建康，被刘裕击败。卢循逃到交州。411年，交州刺史杜慧度杀了卢循。在孙恩被打败逃入海之前，他或多或少带领了农民起义，而卢循则完全是五斗米道。
孙恩和卢循在孙恩之乱中的性质有什么不同？为什么孙恩之乱会失败？