康熙十九年(1680年)，卫拉特蒙古准噶尔部统治后，首领实行人质制。1755年清政府出兵平定新疆准噶尔分裂势力。乾隆20年5月，清军征服伊犁，释放大和卓(名波罗尼都)作为人质禁锢在伊犁、小和卓(名霍集占)。波罗尼率领弟弟霍集占等30多人前往清军。伊犁平定后，清朝命令他返回南疆，招抚老部，统领维吾尔人民。大和卓返叶尔羌(今莎车)统领回部，小和卓留伊犁负责伊斯兰教务。1756年，小和卓霍集从伊犁逃回，参与卫拉特蒙古辉特部长阿睦尔撒纳阴谋发动叛乱，战败逃离叶尔羌。
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乾隆二十二年(1757年)，杀害清廷派来招抚的副都统阿敏道，自力更生为巴图尔汗，波罗尼受到鼓励。他们呼吁各个城市起兵反清，聚集数十万叛乱，举兵反对清政府，叛军控制了天山南路的大部分地方。
乾隆二十三年(1758年)二月，清廷命雅尔哈善为靖逆将军，率满1万多名汉兵从吐鲁番进发，进入南疆(天山南路)平叛。起初，清军出师不利。然而，由于维吾尔族人民的大小和卓残酷压迫，“工资和兵役繁荣，供应迟缓，家庭破裂；而出亡(战败逃亡)，尽力而为，民脂耗尽”
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。人民不堪其苦，纷纷逃亡。五月，围叛军据点库车。叶尔羌经阿克苏赴援，大、小、卓率万余鸟枪兵被清军击败，伤亡4000余人，旋率残部入库车固守。雅尔哈善没有乘胜进攻，而是整天坐守军营，疏于戒备，导致大、小、卓乘夜率400骑逃，雅尔哈善因拖延军机罪被处决。清军攻克库车后，小和卓逃到阿克苏，守城维吾尔族人闭门不接，只好逃到乌什，也被乌什维族人拒绝，于是退保了叶尔羌。大和卓则守喀什噶尔。大小和卓相约各守一城。两人相互倚角，抗击清军。十月，定边将军兆惠率步骑4000至叶尔羌，三战三胜，但以兵少不能取城，即在城东隔河结“黑水营”自固待援。黑水营周围有1万多名叛军，他们经常通过炮轰、洪水、偷袭等方式进行攻击。清军坚守三个月，伤亡众多。
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24年正月，清定边右副将军富德率兵3000从乌鲁木齐到呼尔满(今莎车东北)，与叛军骑兵5000日夜激战，渡过叶尔羌河，与参赞舒赫德、都统阿里根部会师。兆惠闻援军前来，督兵突破。清军会见振旅，还阿克苏。
清平天山南路之战的背景是什么？终于平定下来了吗？