显然，地内镇发展迅速。所谓地内镇，就是建在真宗寺附近的一些城镇，是农业商业中心，绝大多数居民一直是门徒。本愿寺可以直接控制一些这样的城镇，获得经济来源。地内镇门徒的任务之一是守卫镇，防止外人进攻，所以他们试图建立大量的堡垒。石山本愿寺是一座巨大的堡垒，整个地区有50多个堡垒。
战国时期，一些名人试图在农村地区建立新的统治秩序，一直遭到门徒的强烈抵制。因此，一直有大量的门徒参与，大规模的门徒超过1万人。各地封建领主不得不镇压这些起义，其中最激烈的镇压是织田信长。他讨厌所有新旧佛教势力，本愿寺势力如此强大，脉络如此广阔，能量如此之大，成为他统一日本的最大障碍：
1、本愿寺作为一座结构复杂、组织严密的大寺，分布在整个关东、关西平原。本愿寺可以同时动员各地的门徒与信长作战。
2、 本愿寺不需要常备军，当地门徒可以自行供应。这座寺庙以外的门徒也可以反过来支持石山这座寺庙。
3、本愿寺具有优良的地理条件和资源：背后是海，可通过海路补充战略物资。@ 石山御坊已经建成了强大的军事要塞，很难攻下。
4、门徒们总是对本愿寺非常忠诚，不容易改变节日。
这种情况使信长在消灭本愿寺时遇到了许多障碍。信长对本愿寺的战斗持续了十年。
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1570年，信长戴着足利义昭进京，路过时向石山本愿寺索要军费，实际上是开战的借口；本愿寺不允许，信长的铁炮部队浩浩荡荡，与本愿寺调度的杂贺众进行了战国史上罕见的洋枪大战，历史上被称为“石山战争”。显然，他宣布信长为“法敌”，号召全国各地的门徒一直发动反对信长的行动。后来，显如发动长岛一向一井，围攻信长之弟信兴所在的小木江城。杀死信兴，并组织3万多名门徒与朝仓、浅井军合攻宇佐山城，使织田方守将森成战死。本愿寺逐渐与上杉、武田、三好、浅井、六角、朝仓等所谓“信长包围网”相结合，成为反对信长的政治军事中心。信长包围网的成员一直在变化，但本愿寺始终是中枢。最初，与显如密切合作的武田家在东方，使信长成腹背受敌之势，形势对本愿寺非常有利，但在1573年，信玄病死，至此形式逆转。信长于1574年击败长岛城，屠城二万；这一年镇压越前一向，本愿寺坊主下间赖照战死。1576年，信长开始攻击石山市。本愿寺急于寻求毛利水军（村上水军）的救援，最终在木津口击败了织田水军（九鬼水军）。然而，1578年，织田水军击败了毛利水军，石山被包围，失去了海上供应。到1580年，很明显，本愿寺的实力已经耗尽，对抗信长没有希望，所以他不得不放弃，在天皇的调解下，在加贺和石山城的条件下，与织田信长和解。从此，本愿寺退出了政治舞台。
回顾本愿寺对抗信长的历史，可以发现许多不利于本愿寺的因素，导致其失败。
1、毕竟是宗教组织，没有封建领主直接有力地控制武士集团。本愿寺缺乏对门徒的直接控制，门徒也不总是遵守命令，在下达命令时要考虑他们的利益。@ 毕竟，门徒主要是农民，不是专业士兵，不是战争，没有理由随意发动起义，从事战争。只有当起义与他们自己的经济利益一致时，他们才会参与其中。
2、一向宗不是军事组织，缺乏必要的军事人才。一向依靠地方农民组织，缺乏有效领导起义的军事领导人。
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3、宗内门徒之间也存在矛盾，使得横向军事合作存在一些困难，不能按照本寺的指示随意进行。@ 尽管大多数门徒都很忠诚。一些门徒仍然试图脱离本愿寺，出于各种考虑。
4、反信长联盟由各种利益不一致的名称和寺庙组成，无法实现共同努力。他们只是聚在一起反对信长。缺乏组织，缺乏统一的领导，缺乏明确的计划和统一的军事战略。
因此，信长可以以其强大的军事力量打破信长的包围网。
本愿寺投降后，显如遂隐居，弟弟准如接管法门。在正亲町天皇天正十九年(1591年)，在丰臣秀吉的帮助下，于京都兴川六条重建新本山(位于京都市下京区花屋镇下)ル此后直到今天，本愿寺的本山都在本愿寺门前。当时，明如之子教与明如脱离父子关系，在京都自立山门，立东本愿寺，而明如之子教则被称为西本愿寺，因为他对父亲的长期讨论不满。至自，本愿寺分为东西两家，直到今天。准如一脉的西本愿寺法统，被称为“真宗本愿寺派”，依然以正统自居；教如一脉的东本愿寺法统，被称为“真宗大谷派”。
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之后，本愿寺显如和信长势力继承人──丰臣秀吉和解，秀吉在大阪、京都等地捐地重建本愿寺，本愿寺逐渐恢复活力。但显然，在他死后，教育小组内部发生了对立。曾经不遵守父亲命令的长子教，比如继承了12代法主的三子，一定有芥蒂。此外，后来掌权人德川家康故意在背后操纵，故意协助支持教育，比如建立新寺庙。因此，本愿寺的势力从此分裂，教如的新流派叫东本愿寺派，准如这边叫西本愿寺派。
本愿寺在日本战国势力怎么样？本愿寺是如何对抗信长的？