孝道明天皇“喧夷赦纸”
时局的变化并没有让晋作隐居多久。1863年，在长州藩等热闹派的推动下，孝明天皇发出了一张大赦纸，将军被迫向朝廷保证，“大赦事件将于6月25日(阴历5月10日)到期。6月25日，长州藩首先点燃了繁夷的火焰。以久坂玄瑞为中心，以光明寺为大本营的所谓光明寺党，突然袭击了通过下关海峡驶往长崎的美国商船“彭布罗克号”。7月8日，法国通讯船“建昌号”炮击，11日，荷兰军舰“梅迪萨号”炮击。16日，美国军舰“怀俄明号”对长州藩炮台和军舰进行了报复性猛烈攻击，击沉了三艘长州军舰，封锁了下关海峡。沿岸的武士家属和一些人逃到山上，海峡地区被忽视。法国东洋舰队还派出了旗舰“塞米拉米斯”和“唐克雷德”
21日，报复来到下关与长门之间的前田炮台进行攻击。大约有250名陆战队员登陆，占领了前田、坛浦等炮台，烧毁了沿途的村庄。长州藩志士顽强抵抗，但实力差距很大。列强的强大船炮给他们造成了严重的损失。
长州藩风雨飘摇，处于被侵占的边缘。
建立“诸队”
1863年7月18日，长州藩开始使用高杉晋，命令他防守下关。19日，高杉晋组织了一支奇兵。奇兵名的含义是与藩里正兵(正规军)相比的非正规军。晋的政策是组织一支强大的军队。他认为上级藩士没用，只知道锦衣玉食，既没有体力，也没有智力。
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在组织奇兵队时，他招募了自愿参与的普通农民、商人和手工业者，无论身份如何。武士占48.7%，农民占42.3%，商人占4.5%，神官僧侣占4.5%。奇兵队的所有服装和武器练习都效仿西欧国家，这是日本第一支新军队。奇兵队成立后，立即将矛头对准了“内专制、外妥协”的幕府统治。24岁的高杉晋亲自担任奇兵队总督，并于10月去职。奇兵队发展迅速，到1864年已达4000多人，并得到了众多豪农豪商的支持。奇兵队的出现，开创了日本新军队的历史，带动了一些士妾混杂的民众武装的出现。这些武装的名字很多，比如“农民队”、“力士队”、“先锋队”、“八幡队”、“集义队”、“义勇队”、“迪野队”和“游击队”的种类不少于几十种，从三五十人到三五百人不等。后来由高杉晋统一指挥，一般称为“诸队”。这种新型军队逐渐成为倒闭维新运动中可靠的武装力量。
八一八政变尊重熙熙攘攘
尊熙派看到孝明天皇叫幕府发布定期闹夷通知等赦令的威力，竟使幕府处于动摇不稳的状态，便大胆起来。真木和泉是尊华派领导人之一，策划天皇行大和(今奈良县)亲征外夷。当时，随行将军突然下令，迫使他立即采取熙熙攘攘的行动。如果他不接受法令，他将命令各藩起来举兵倒闭。此时，熙夷已成为推翻幕府政治的手段。孝明天皇虽然要求熙熙攘攘，但始终主张公武和体，非常信任为公武和体奔跑的萨摩藩和会津藩，他们试图挽救德川家族的危机。7月5日，突然发生了一起事件，暗杀了尊熙派的公卿。14日，尊熙派指名萨摩藩士田中新兵卫为凶手，并劝说朝廷解除萨摩藩守卫乾门的职务。然而，天皇却写信给青莲院宫，说这是“伪智下令”。8月9日，尊熙派将监视尊熙派活动的京都守护人松平容保赶出京都，并说服朝廷向容保发出法令，命令其视察关东局势。13日，天皇写信给容保，说明这“不是真正的法令”。因此，会津、萨摩两藩协商策划举行军事政变，并得到青莲院宫的支持。9月25日(阴历8月18日)，会津、萨摩两藩联合以兵力固守宫廷九门，被迫逃往长州藩，历史上被称为“八一八政变”。此时，长州藩已成为尊华派势力聚集的据点。
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到1864年，长州奇兵队已达4000多人，具有一定的实力，并得到了豪农豪商的支持。因此，尊熙派志士们斗志昂扬，但也有人产生了不耐烦。真木和泉和九坂玄瑞将率兵进京，以恢复尊熙派往京都的势力。高杉晋认为力量还不够，时机还不成熟，应该继续积累力量，待机而动。于是他来到军队驻地三田吉劝阻真木、泉等人。但和泉等人一心坚持自己的观点，反而嘲笑晋作是懦夫。不久，由于“池田屋事件”的发生，真木、泉、九坂玄瑞迅速带兵来到京都。晋作劝阻无效，于是放弃向藩主报告的义务，奔赴京都，因脱藩罪被关在河北省监狱。
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禁门之变
1864年7月，在京都守护职指挥下，新选组袭击并消灭了聚集在京都池田屋的尊华地下组织(池田屋事件)。这件事激怒了奇兵队，八月，奇兵队在真木和泉、九坂玄瑞的领导下，向京都开进。在劝阻无效的情况下，高杉晋放弃了向藩主报告的义务，奔赴京都。因此，他被判脱藩罪，被关进了河的野山监狱。因祸得福，也正是因为这个原因，高杉才躲过了一劫。8月19日晚，真木和泉和九坂玄瑞开始攻击京都宫的蛤蜊御门，并与守门员惠津士兵展开激战。出乎意料的是，他们被侧面的萨摩伏士兵突然袭击，失败了。真木、泉和九坂玄瑞等热闹的领导人大多被杀或自杀，这就是“禁门之变”。而高杉因监狱而未能参加这场战争。
高杉晋参与了哪些改革政变？对日本有什么影响？