几个世纪以来，印加人到达库斯科山谷，建造了美洲最大的帝国Tawantinsuyu。Tawantinsuyu是6000年中安第斯文明的文化高潮，与秘鲁、玻利维亚、厄瓜多尔、哥伦比亚南部、阿根廷北部和智利现代国家重叠。与丰富的考古文化证据相比，前哥伦布时期的历史随着它与神话的交织而消失，因为欧洲编年史学家在到来之前缺乏写作系统。
丢失的证据
对印加血统的起源知之甚少，一些遗传信息有助于重建其部分历史。不幸的是，由于基督教征服者和调查人员的宗教和政治迫害，被称为上帝的印加皇帝的木乃伊和身体遗骸被烧毁并埋葬在未知的地方，没有直接的材料来研究他们的DNA。第一作者遗传学家何塞·桑多瓦尔在秘鲁利马的圣马丁德波雷斯大学工作，“因此，现在只有现代印加血统家族的遗传分析才能为他们的祖先提供一些线索。”。
印加起源神话
在他们在库斯科山谷建立首都之前，印加人有两个基本的神话。一个是Manco Capac和Mama
Ocllo，他们被认为是太阳神的孩子，也是文明创始人的父母。几个世纪前，他们来自喀喀湖，距离北玻利维亚和秘鲁南部约500公里，或多或少是蒂瓦纳库帝国。
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第二个神话讲述了四个神奇的阿亚尔兄弟从库斯科以南50公里的一座山上的洞穴中走出来，其中只有一个到达了库斯科山谷。至于统治者的继承（12-14岁），大多数编年史学家只提到一个父系遗产，但其他作者认为这是一个复杂的军事和行政技能选择，不一定选择印加人以前的儿子。
遗传能与神话相匹配吗？
“在第一种情况下，预计会有一个独特的父系群。在第二种情况下，两种或两种以上的父系模式将是明显的。”资深作家、遗传学家Ricardo
Universidad也是Fujita de San Martin de Pores说。
研究小组包括历史学家罗纳德·埃尔沃德(Ronald Elward)，从征服者时代到当代后代，他研究了12个印加贵族家庭的文献。
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Y染色体和MTDNA的标志用于这些家族的遗传分析，并与秘鲁、玻利维亚、厄瓜多尔和巴西的2400个本地个人数据库进行比较。“结果表明，两位创始人的生活方式是独一无二的。他们生活在公元1000年至1500年之间。这是前蒂瓦纳库（南部）和瓦里（北部）当代帝国衰落之间的时期，以及几个世纪后印加帝国的崛起。”巴西贝洛哈里桑塔的米纳斯吉拉斯联邦大学遗传学家Fabrio
Santos说：
第一个叫AWKI-1的父系单倍型(AWKI意思是克丘亚语中的皇太子)是早前两个印加人Yahuar
在Huacac和Viracocha的下降家族中发现。同样的印加后裔模式也发现在库斯科以南的居民中，主要是在秘鲁的艾马拉斯和玻利维亚。
最近印加人Huayna，AWKI-2的第二个父系单倍型
在Capac的后代中发现，他们是两兄弟(Huascar和Atahualpa)当征服者到来时，他们的父亲正在与帝国发生兄弟战争。桑托斯博士说：“AWKI-在安第斯山脉不同地区的数十人中，偶尔也会出现在亚马逊地区，这表明人口扩张。
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“除圣塞巴斯蒂安和圣杰罗尼莫外，AWKI-1，AWKI-2的大部分位置都在库斯科以南，包括喀喀湖和附近的马塔马博盆地，这与印加人的两个基本神话是一致的。”里卡多补充说，“两张照片可能会在与最终目的地库斯科同一旅程的不同时间拍摄。”罗纳德·埃尔沃德说：“同样值得注意的是，哥伦比亚时代以来，这些当代印加贵族家庭一直存在连续性。”
对其MTDNA的分析表明，安第斯山脉中有一个高度变化的母系标志，反映了高遗传流动。”这可能反映了库斯科贵族与全国各地王国和领主的女儿之间的婚姻安排，”何塞·桑多瓦尔说。
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正在进行的分析
这项工作是该团队通过Genetics重建南美历史的几项研究的延续，并获得了Fabricio Santos在南美领导的Genographichic
Project(Geno 1.0)资助。两部出版的作品包括Uros独特的古老根源、喀喀湖浮岛人和秘鲁亚马逊的Quechwa-Lamistas。
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现代Uros是艾马拉人，有人认为是艾马拉人，他们生活在浮岛上，从旅游业中受益。然而，这个团队表明他们是遗传孤立的人，他们失去了原来的Uros语言，而是使用了更广泛的艾马拉语。另一方面，Kechwa-Lamista是亚马逊人，他们说安第斯克丘亚语，他们被认为是印加人前敌安第斯查卡的后裔，并被他们追逐到亚马逊。DNA表明，他们实际上是亚马逊人的后代，天主教徒聚集在不同的语言中。他们被教克丘亚语（由安第斯山的传教士学习），以获得更好的传福音。
“在某些情况下，遗传学向我们展示了与官方历史不同的东西。历史记录中没有写得不好或写得不好的东西，可以通过我们在DNA中写的东西来揭示。”
Ricardo
Fujita总结道：“这项研究只是冰山一角，试图解决最显著的文明之一的谜团。一个印加君主遗骸的DNA，一个生活在西班牙殖民统治开始时的直系后裔的DNA，更确定了印加血统。我们的团队期待着它“宣布何塞桑多瓦尔”。
印加人的起源是什么？印加人是什么种族？