圣伊格纳西奥教堂位于菲律宾首都马尼拉历史城墙的中心内特鲁罗斯的边界。这座教堂是由老建筑师费利克斯·罗卡斯设计的，于1899年完工。它的故事在许多动荡时期交织在一起。
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耶稣协会及其成员耶稣协会决定在两个不同的城市建立两座教堂。这两座教堂都是圣伊格纳，献给了耶稣协会的创始人和西班牙牧师罗约拉(St.Ignatius)是的。他被称为社会的“父亲将军”，但也被称为“黑人教皇”。
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第一座教堂矗立在马尼拉大学所在的地方。第二座教堂矗立在马尼拉罗马天主教大主教区的酒店旁边，靠近帕拉西奥·阿尔佐比斯帕尔(PalacioArzobispal)，这是马尼拉大主教目前使用的官邸。
从1587年到1879年，第一座教堂的所在地在该地区建造了三座教堂，持续了292年。第一座教堂在1587年为建筑师Gianantonio奠定了基础
他也是耶稣协会的成员，Camtili设计。
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唐·加布里埃尔·德·里贝拉建造教堂的资金(DonGabriel De
Ribera)捐赠是西班牙前上诉法院的法官，名为“皇家有声教堂”(Royal Auencias and Chancillerías)。
除了瓦屋顶，教堂完全是用木头建造的。三年后，它开始建造，第二座教堂在现场开始，这次用石头。第一座教堂花了45年才建成，第二座教堂只用了6年就建成了；建于1590年和1596年。
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这座石头教堂是献给耶稣的祖母圣安妮的。仅仅四年后，菲律宾就遭受了毁灭性的地震，教堂受到了严重的破坏。
1626年，第三座教堂建在这座教堂上：两座教堂中的一座是献给洛约拉的圣伊格纳修斯。建设工程于1632年竣工。
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随着时间的推移，菲律宾耶稣会士的人口逐渐减少，到1768年，教会开始恶化。1852年9月6日，菲律宾再次发生强烈地震，严重破坏了教堂。只有钟楼和一些大厅站着。
有一段时间，教堂的遗址被用作军事庭院。美国第31步兵团总部位于现场。
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1879年，耶稣会士被授权用17世纪教堂的旧石头建造新教堂。老费利克斯·罗克斯被要求建造这些设计。内部和雕像是伊莎贝拉·坦平科的作品。教堂的大部分内部都是木制的。
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论坛和祭坛都是奥古斯丁·赛兹和坦平哥工作室的作品。萨伊兹曾任马尼拉艺术学院院长，并在市议会。
直到1945年马尼拉战役爆发，教堂终于在1889年建成并繁荣起来。战斗中，约有10万平民死亡，教堂连续四天被烧毁，最终被彻底摧毁。
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事情解决后，马尼拉市得到了教堂的所在地。从那以后，房地产被用于许多不同的用途，包括仓库的位置，甚至篮球场。
最近，教堂进行了大规模的翻新，目前的计划是将教堂改造成博物馆。
圣伊格纳西奥教堂是菲律宾标志性建筑 1945年马尼拉战役被彻底摧毁