作为一名杰出的医学创新者，王清任在《医林改错》中更准确地描述了胸腹内脏器官、血管等解剖位置，与过去相比得到了纠正和发现；二是创造血瘀新理论，制定了许多新处方，临床效果相当奇怪；第三，否定胎儿营养、胎儿毒性等陈述，综合“大脑中的灵机记忆”新说，其贡献巨大，值得肯定。
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后世医生对他的评价褒贬不一，有人认为他的理论对脏腑进行了明确的划分，是形态学上的准确过程。然而，大多数中医学者认为，几千年来，中医对“脏腑”的定义从未真正使用过解剖学和形态学的方法。“脏腑”一直是中医理论体系中的“阴阳五行”、对八卦九宫等进行分类定义。在中医的诊断和治疗中，“脏腑”始终是一个功能性的概念，而不是一个真正的器官。《黄帝内经》还提到了脏腑的大小和重量，甚至有人认为《内经》甚至没有说肝脏的位置。事实上，经过深刻的理解，许多学者发现对脏腑重量、大小等数字的描述包含了深刻的数学内容。在中国文化的过程中，数学理论的神秘和深奥往往使许多人认为这是一种纯粹的意识，而不是现实，其他人总是怀疑甚至拒绝它。然而，无论人们在主观意识上是否认还是肯定，“数学”在中国文化的历史进程中占有非常重要的地位。可以说，它已经深入到各个领域，贯穿于整个过程中，中医理论也是如此。由于许多人已经承认，中医对内脏的理解不是形式理解，而是功能定义，为什么类似的形式学内容出现在《黄帝内经》的基础理论作品中？从这本书的理论水平来看，与整体思想不一致的观点和讨论永远不会被收载。因此，我们不必画中医描述重量和大小的数字，也不必为数字是否需要修改和准确而费力。同样，肝脏的位置也不是指现代解剖学中的肝脏，而是一种由“肝气上升”引起的、“肺气下降”理论与“左升右降”气机循环特征相结合，衍生出“肝位居左”的功能概念。因此，许多医生对王清任的“改错”持否定态度，并有“医林改错，越改越错”的说法。
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至于他的第二大理论，关于“瘀血”的理论也有两种评价。一方面，理论上，有人说他创立的血瘀理论补充了中医病机学和处方药学；然而，也有人认为王在尸体现场对多具尸体进行了实地调查和解剖，得出结论。在研究方法方面，它不符合中医认知的传统规律，它所说的“血瘀”实际上应该说是“死血”。失去生命的人自然不会流血。中医理论中提到的“瘀血”并非全部肉眼可见。然而，大多数医生对立法和用方的评价非常肯定。他在治疗瘀血证的方法上有了很大的创新，对此有了深刻的了解。同时，他进行了更深入的分析，留下了“隔下逐瘀汤”、“血府逐瘀汤”等优良方剂。但是，在使用这种方法之前，我们必须准确地辨证论治，这不能局限于气血致病的理论。这是医生不可或缺的原则。它灵活，随证加减。
虽然后世医生对王庆仁的《医林改错》评价褒贬不一，但他愿意实地观察，亲自动手的精神值得肯定。他为医生留下了宝贵的信息，在血瘀证的立法和处方的创立上具有很大的学术价值。
王清任的评价是什么？他是第一个解剖学的人吗？