出生于筑前国(今福冈县)太宰府的井上哲次郎(1855-1944)号浔轩。它是现代日本唯心主义哲学的先驱，也是日本学院哲学的奠基人。小时候和中村德山一起学汉学，然后进入长崎广运馆。他被选中去东京留学。1875年在东京开成学校学习，1880年毕业于东京大学哲学科(东京帝国大学前身)。《东洋学艺杂志》于1881年与杉浦重刚等人创办，1882年担任东京大学副教授，讲授哲学。
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当时，他与外山正一、矢田良吉创作了《新体诗抄》。他翻译了朗费罗的《生命的赞歌》，并出现在诗歌抄写中。他是新体诗运动的先驱，致力于翻译当时的西方哲学名词。有一本书《哲学字汇》。亚里士多德著名的哲学巨大的metaphysics中文译名“形而上学”是井上哲次郎根据《易经·系辞》中的“形而上者谓之道，形而下者谓之器”翻译而成的。虽然他反复抵制这种翻译，创造了自己的“形而上学”，但并没有被公众接受，所以中文翻译成形而上学。他反对基督教，提倡日本主义，属于杂志《日本人》。
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1884年在德国留学，1890年回国后担任东京大学教授，次年获得博士学位。1895年被选为东京学士学会(后帝国学士学院)会员，历任学院讲师，帝国学士学院第一部主任，东京帝国大学文科大学校长，东京帝国大学评议员，1923年担任学校名誉教授，后任东洋大学教授，在上智大学、立正大学讲课，日本哲学会会长、斯文会副会长、贵族学院会员。晚年埋头研究日本儒教，1944年去世，享年90岁。
井上哲次郎：日本明治、大正、昭和时期的哲学家