自明治维新以来，日本主要移植英法哲学，井上开始大量介绍德国哲学。他将德国古典唯心主义哲学与中国儒家和印度佛教相结合，试图建立自己的唯心主义哲学体系。他的基本哲学思想是现象即实在论。他认为现实和现象是相互包含和整合的，现象和现实是同一存在的两个方面。现象本身是真实的，现象和现实是不可分割的。区分两者是人类的主观推断；就像客观世界有现象和现实一样，主观世界也有现象和现实；人们只能理解现象而不是现实；世界的真相存在于超越现象和现实之间的差异。根据井上的观点，人们可以通过内在的直觉、间接的、近似的方式获得真实的概念。井上的哲学是唯心主义的，一些哲学史学家认为他的唯心主义不像西方的一些唯心主义那么纯洁。
在伦理思想上，井上倡导国家主义的民族道德理论，宣传忠君爱国、忠孝的统一。具体体现在1891年的《皇帝衍义序言》中。他声称君主如心，臣民如四肢，孝顺父母，友谊兄弟。归根结底，他们应该为国家服务，他们的身体应该献给国家，为他们的父亲牺牲。
井上哲次郎的“现象即实论”认为“虽然理论上分别思考现象和现实，但实际上两者是同体的，两者是不一致的”。他认为自己在认识和实际关系上确实是不可认识的，而且只能通过内部直观来获得，而且无法验证和证明。关于主观、客观和现实的关系。他认为这既不是主观的，也不是客观的，但要把握它，我们仍然需要从主观的，客观的。“真的没有主观和客观的区别……把两个方面合二为一”，他称之为“一如既实”，即“终极现实”、“世界本体”。而这只能靠内部直观来把握，其实是不可知的。
井上哲次郎也是欧洲近代思想熏陶的学者，但在他心中，也有迎合旧儒道伦理复活的要求。在欧洲学习期间，井上哲次郎及其追随者，如宇野哲人，热衷于德国俾斯麦、斯坦因和盖乃斯德的国家集权主义理论。由他们组成的早期中国哲学研究本质上与国家制度相结合。这所学校的主要学者大多聚集在东京帝国大学。他们以东京帝国大学“支那哲学文学研究室”为中心，成立了“东亚学术研究协会”，发行了出版物《汉学》。由此组成的学校，我们称之为“官方制度学校”。
与此同时，还有一些学者与政府关系不密切。他们试图解释和建立中国哲学史研究与西方的学术概念，以松本文三郎和远藤隆吉为代表，被称为“私人学校”。
井上哲次郎有什么哲学思想？他提倡什么伦理思想？