温病学派是吴门最具地方特色和科技优势的学校之一。从某种意义上说，它是吴门医学派的主流。明清时期达到顶峰，长期处于世界科技领先地位。
温病学派是中国明末以后在南方逐渐兴起的以研究外感温热为中心的学术学派。明清时期，温疫猖獗，尤其是江浙地区，气候炎热，热病盛行。客观上促使江浙医生研究温热病，逐步形成学派。
明末清初，吴有性地阐述了瘟疫理论（1642）的流行特征。当治疗方法与伤寒理论不同时，江苏和浙江出现了一些相关的新理论和治疗方法。它的共同特点是“温热和瘟疫不是伤寒”，因此后来被称为“温病学派”，叶天士（1667-1746）是其中的代表之一。
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后来，吴鞠通(1758-1836)在学术上没有门派意见，在综合研究上至今都是素问、下至吴有性、叶天士的相关理论后，张仲景将温病的传变与脏腑病机联系起来，提出将温病分为上焦(肺与心)、中焦(胃与脾)、下焦(肝肾)三个阶段，即所谓的“三焦辨证”理论体系。
明清两代中国南方成熟的温病学派有其特殊的社会历史原因。
@ 由于城市的发展和人口的集中，明清时期的流行病已成为当时医学界面临的一个新问题。据有关文献统计，明朝276年中大疫流行64次，清朝266年中大疫流行74次，如明永乐6年、江西建昌、浙江杭州、福建建宁、绍武等地78400多名死者。由于传统的伤寒法治，这些瘟疫的效果并不理想，当时的医生不得不寻找新的出路来治疗这些瘟疫，这为温病理论的产生创造了积极的条件。
此外，中国南方产生的温病学派也与中国南方特殊的地理环境有关。中国南方，尤其是江南湖河渚泊，地处低湿，水资源丰富，全年气候明显。与北方相比，它也造成了江南多温病的自然条件。这也给了江南医生更多的实践机会治疗温病，这也是温病学派产生于中国南方的一个重要原因，尤其是江南地区。
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此外，前代医生的不断探索也为温病学派的产生奠定了坚实的理论和实践基础。在这些原因的共同作用下，温病学派应运而生。
吴有性所处的时代是明末。当时政治腐败，清兵入侵，瘟疫流行，人民生活极其艰苦。据《吴江县志》记载：“一巷百余家，无一家只免；一门几十口，无一口只存。吴有性目睹了当时的悲惨局面，深深地感慨地说：“守古法不适合今病……医生是对的，病人日进危险，病情越急，投药越乱。不死于疾病，就是死于医学……”他感到悲伤和担忧，觉得医生有很大的责任。为了治疗疾病和拯救人们，他致力于传染病的治疗，不顾个人安全，深入疫区，进行仔细的观察和比较。60岁时，他编写了一部关于传染病学的重要著作《瘟疫论》，取得了创造性成就，丰富了中医理论中传染病的内容，在中国医学史上写下了辉煌的一页。
温病学派:以研究外感温热病为中心的学术派