北府兵在飞水之战中取得辉煌胜利后，成为东晋的重要力量。他们的指挥官谢玄和谢安的声誉也达到了顶峰。然而，繁荣和衰落，高成就是禁忌。很快，谢玄内部调整，雄心勃勃地死去；谢安主动交权，很快就死了。谢退出后，北府兵很快也跌入了毁灭的深渊。
东晋孝武帝司马曜可能是晋朝以来最有权势的皇帝。谢安之后，他的弟弟司马道子被取代；北府兵的指挥官也被皇后的哥哥王恭取代。有一段时间，东晋王室的力量前所未有。
然而，孝武帝并不高兴太久。他的死可以说是非常荒谬的。只有一次喝醉了，对宠物妃张贵人说了一些胡说八道，张贵人叫心腹宫女，趁他睡着了，用被子盖住了他。
孝武帝死后，晋安帝司马德宗继位，愚蠢木讷，智商不足，朝政进一步被叔叔司马道子控制。
司马道子宠爱了一个叫王国宝的人。这个人是谢安的女婿，但他的行为不好，在谢安当政期间没有被重用。于是他投靠司马道子，在司马道子面前反复说谢安坏话，最终导致谢安到位。
晋安帝时期，王国宝得到了更多的重用，这引起了王恭的强烈不满，经常面对面，司马道子也很尴尬。
在隆安的第一年（397年），王国宝告诉司马道子，他想削减王恭的军事力量。王恭以北伐为借口，与荆州刺史尹仲堪预约，并与北府士兵一起进入建康。王恭迫使司马道子杀死王国宝并感谢他，然后回到了北京。
这次兵诫的成功，显然进一步助长了王恭的脾气。
第二年，王恭再次出兵。但这一次，不是为了保护自己，而是为了管理别人的闲事。原来朝廷怕王恭、尹仲堪等。，并决心再次支持他的心腹。于是他割断了禹州四县，给了王愉，命他为江州刺史。这一举动自然引起了余楷的怨恨，于是他找到了王恭，劝他再次出兵“清君侧”。
王恭不仅同意了，还决定先起兵，直到尹仲堪和桓玄回应。将军刘牢之劝他不要着急，一点也不听。刘牢之讨厌他平时把自己当普通部将，被朝廷派来的人许下重利(答应让他取代王恭的位置)。于是刘牢之没有让王恭正式起兵，就一巴掌杀了他。
恭梦牢坐在那里，说:“事克，就是以卿为北府。”在遣牢的率领下，督颜延先根据竹子。元显使说牢，吃重利，牢之就是斩颜延。是日子，监狱派遣他的丈夫优雅，他的儿子尊重宣传，因为恭曜军。轻骑击恭。恭败，将还，雅之已经关上了城门，恭喜和弟弟一起骑着曲阿。恭喜久了不骑，长了疮，不能再去了。(《晋书王恭传》)
刘牢控制着北府兵。
当刘牢之率领北府兵为朝廷扫清孙恩叛乱时，桓玄已经袭杀了尹仲堪和杨泉期，鲸吞荆州和江州，不奉命，不尊朝廷，就像藩镇割据一样。元兴元年(402年)，朝廷下令讨伐桓玄。桓玄听取了谋士的建议，主动带领军队东下，击败了豫州刺史司马尚之。他打败了朝廷军队的士气，陷入了低迷。
此时，刘牢之一方面害怕桓玄的名声，另一方面也害怕朝廷的猜疑。桓玄派人离开，说了一些关于兔死狗的废话。于是刘牢之兴奋起来，不顾大家的反对，选择投降桓玄。
最后，东晋朝廷被桓玄打落。司马道子先被流放，然后被杀。晋安帝被迫成为禅宗，桓玄成为皇帝，建立了桓楚政权。
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当刘牢之打算投降桓玄时，他的侄子何无忌和部长刘裕建议刘裕不要听。投降后，刘牢之很快被调离北府兵老巢京口，成为东将军、稽太守。
刘牢之也觉得不对劲。他的儿子建议他攻击仍住在总理府的桓玄。刘牢之犹豫了一下，先把军队移到班渎，然后召集将军讨论，打算北上去投靠女婿。他是广陵相的优雅人物，试图占领江北与桓玄作战。下属一听不干，参军刘袭直接反驳：你已经反叛了两次，还想来第三次，怎么还有脸站在世界上！说完头也不回走，其他部门也纷纷离开。
参军刘袭说:“事不能大于反，而将军往年反王兖州，最近反司马郎君，今复想反桓公。一个人反三反，怎么能站起来？”话结束后，佐吏多散散步。(《晋书卷84·列传第54》)
刘牢之心灰意冷，儿子去京口很久了，怀疑自己被杀了，于是选择上吊自杀。
一个能征善战攻敌必克的猛将，就这样草草结了自己。
随后，北府兵宿将高素、朱谦之、朱朗之、刘袭、刘季武、孙无终等，全部被桓玄铲除。
这支曾经横扫世界的无敌力量，第一次走到了崩溃的危机时刻。如果刘裕起兵后来没有打败桓玄，重建了北府，恐怕他真的会在历史上消失。
刘裕接手后，北府兵攻灭桓楚，北伐五胡，收复洛阳，攻入长安，代晋建宋，取得了无与伦比的成就，也将北府兵带到了高潮。王夫之曾说过:“宇之为天下功，曹操为烈！”这些都是后话。
为什么谢氏退出后北府兵迅速陷入复苏危机？