晚明三大疑问也被称为明末三大疑问。指明末宫廷发生的竖击案、红丸案、移宫案。虽然这三起事件不是很重要，但它们标志着明末混乱和衰落的开始，因此被称为“三起案件”。以下是对相关内容的详细介绍。
梃击案
万历四十三年五月初四发生了竖击案。一名名叫张差的男子手持木棍闯入皇太子居住的慈庆宫，打伤守门宦官李鉴，后被捕。经审讯，显示郑贵妃与此案有关。当时的审判人员都是浙江人，而当时的浙党领导人方从哲与郑贵妃关系良好，因此颇受质疑。当时陕西籍刑部主事秘密审讯了张差，结果招出郑贵妃确实与此有关。看到东窗事件，郑贵妃恳求皇太子。皇太子还要求皇帝迅速解决这个问题。此外，神宗宠爱郑贵妃，除了张差被处决外，此案已经结束。一些主张继续追查的官员后来受到了不同的惩罚。
背景
在中国历代皇朝的礼制中，皇帝建立了皇后生下的长子为王子，而当皇后无所事事时，老人是王子。虽然明朝几代皇帝在特殊情况下被任命为皇帝（明朝祖先篡夺侄子惠帝的王位，明朝景泰帝因明朝英宗被俘而被大臣支持，明朝皇帝因明朝武宗无子而继承大统），但明朝仍然遵循这一礼制。
明神宗万历皇帝在位期间，由于皇后没有儿子，朝臣主张立年的长子是王子。皇帝的长子朱常洛出生于万历十年。他出生于万历十四年。他是上帝宠爱的郑贵妃的儿子。上帝希望福王是王子，郑贵妃不断地向上帝说话。然而，朝臣们坚持将朱常洛立为皇太子，李皇后和王皇后也支持朱常洛立。
起初，神宗不断拖延，直到皇长子十岁，他的储备还没有确定，所以他不能上学。虽然神宗惩罚了一些支持皇长子的大臣，但东林党也支持皇长子，这使得支持皇长子成为王子的势头更大。万历二十九年，皇长子朱常洛二十岁。在不能拖延的情况下，神宗终于将常洛列为皇太子，常迅为福王，封地为洛阳。
国本之争演变成皇帝与士绅大臣之间的力量之争。结果，郑贵妃无法忍受，最终爆发了明朝立国以来最严重的宫廷仇杀事件。
爆发
万历四十三年五月(1615年)，一名男子张差手里拿着棍子闯入王子朱常洛居住的慈庆宫，打伤守门太监。王子内侍韩本用听到这个消息，在前厅逮捕了张差。
经御史刘廷元审讯，张差是蓟州井儿峪人，语言颠倒，常提到“吃斋求封”等语。刑部提牢主王之云认为事情有些奇怪，认为张差绝不像疯子，用食物引诱他:“实招与饭，不招当饿死。”张差低头说:“我不敢说。”王之云命令大家回避，亲自审问。
原来张差靠砍柴打猎谋生。一个月前，张差在济州卖完货后，赌博输了。结果，他遇到了一个太监，他说他可以带他去赚钱。张差和太监一起去了北京，看到了另一个老太监。老太监供应酒和肉。几天后，老太监带他进了紫禁城。老太监把木棍交给张差，给酒差喝。带他去慈庆宫，进宫后见人即打，尤其是穿黄袍的人(朱常洛王子)。这是奸人，想杀了他。老太监说，如果他杀了穿黄袍的人，他会得到很多奖励。如果他被抓住，他会救张差。
张差的供词是由郑贵妃的太监庞保和刘成指示的。
结局
有些朝臣怀疑郑贵妃想谋杀王子，王志、何士晋、张问达奏疏谴责外戚郑国泰“专业”;郑贵妃整天惊慌失措，向皇帝哭诉，神宗朱义钧要求她向王子表明心迹。皇帝和王子不愿深究，最后以疯狂奸徒罪将张差处以凌迟。张差临死前曾说：“同谋做事，事败，独推我死，多官竟付之不问。(根据《先拨志始》)。不久，刑部、都察院、大理寺三法司前后五次会审庞保、刘成两人，由于人证消失，庞、刘二犯无所畏惧，矢口否认涉案。六月一日，明神宗密令太监将庞保、刘成处死，全案无法查出。
明朝三大案件的真相还没有找到