建兴四年(公元316年)，长安失守，西晋灭亡，中原100多年大动乱开始。西晋灭亡后，司马瑞在晋朝贵族和江东大族的支持下，在建康重建晋廷，是晋元帝，历史上被称为东晋。北方的外患威胁依然存在，大量北方世族和皇室衣冠南渡。在东晋朝廷赖世族和方镇的支持下，稳定局势，使江南诸州排名第二，东晋安全。然而，东晋在重要地区以大族为镇将，形成了地方分离的局面。东晋朝依靠民族的支持和人民的宽容，在统治集团内部分裂和人民起义的情况下，皇权逐渐衰落，不得不崩溃。元熙元年(419年)，东晋最后一位皇帝司马德文即位。此时，晋廷的权力掌握在宋公刘裕手中。司马德文只是刘裕登基称帝之前的一件装饰品。
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晋恭帝司马德文，字德文，晋孝武帝司马曜次子，晋安帝司马德宗弟弟。初封琅邪王后，历任中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司等官职，后迁车骑将军。三年(399年)隆安开始的桓玄之乱，对摇摇欲坠的东晋大厦造成了致命打击。桓玄篡位后，将晋安帝贬为平固王，逐出建康。这一动荡给了镇军将军刘裕一个千载难逢的机会。刘裕率军攻灭桓玄后，掌握了晋廷大权。掌权后，刘裕排挤迫害了与他不和的大臣，并将亲信安插在各地进行刺史。义熙十四年(418年)，刘裕接受了相国、百季、扬州牧的官职，被封为宋公，建立了宋国，并接受了九锡殊礼。司马德文知道刘裕有篡位杀害晋安帝的企图，晋安帝本人不分饥寒，司马德文就跟着晋安帝，寸步不离。但百密一疏，司马德文因病外出时，刘裕乘机派人吊杀晋安帝。
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刘裕本人故意自称皇帝，但由于图预言“昌明(晋孝武帝)后有二帝”，刘裕符合图预言，便于义熙十五年(419年)立司马德文为皇帝
，改年号为元熙，晋恭帝。恭帝即位之初就知道自己只是刘裕手中的一个傀儡，所以小心翼翼地寻求自我保护。经过近一年的生活，元熙二年六月(420年7月)，刘裕见时机成熟，用事先拟定的禅位诏书逼晋恭帝抄袭，代晋称帝，东晋自此灭亡。禅位后，晋恭帝司马德文被刘裕封为零陵王，其正朔、车驾、衣服等均按晋朝规范执行。然而，刘裕并不像晋武帝司马炎对魏帝曹宏那样宽大。他想砍草除根。一年后的第二年(421年)9月，刘裕命人用毒酒毒死司马德文，但司马德文拒绝说:“佛教教义上说，人自杀，转世不能再投胎。士兵们把他带到床上，用被子蒙住他的脸，活活闷死，时年35岁，头衔恭皇帝。
到目前为止，两晋王朝的故事已经结束。从司马懿父子几十年的艰苦经营，到晋武帝司马炎摧毁吴蜀统一世界，再到八王之乱，衣冠南渡，再到偏安江南，中间有多少故事受到士人的控制。司马氏族建立的两晋，历经十五帝，历经百五十多年，世界形势依然分分合合，你家唱完我就出现了。以《临江仙》结尾:
滚滚长江东逝水，浪花淘尽英雄。
是非成败转头空。
青山还在，夕阳红了好几次。
渔樵江渚上的白发，习惯看秋月春风。
一壶浊酒喜相逢。
有多少古今事，都是在笑话中付出的。
司马德文:东晋最后一位皇帝被活活闷死