明太祖朱元璋去世后，燕王朱棣以“清君侧恶”的名义举兵反抗朝廷，经过四年的战争，朱棣攻占皇城，夺取皇位。
朱元璋登基后，一方面加强了王权，另一方面大肆分封儿子。他把儿子封为亲王，驻扎在各地的战略要地。国王不仅可以在自己的封地上建立王府，设立官员，还可以随意调动自己的军事力量。在国王中，燕王朱迪因其卓越的成就和最高的地位而拥有最多的军队。
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藩王势力不断扩大，势必威胁中央政权。有人劝朱元璋，但没有引起重视。1392年，朱标王子死亡，朱元璋立王子的次子朱允炆(长子早逝)为皇太孙。明太祖朱元璋于1398年去世，皇长孙朱允炆即位，即建文帝。建文帝听从大臣的建议，削藩。首先，他削减了几位弱势亲王的爵位，然后集中精力对付燕王朱迪，并命令亲王不要控制文武将领。建文帝还派人监视朱迪，伺机逮捕他。朱棣得知后，先诱杀前来监视的将臣，并于1399年7月举兵。
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燕王朱迪举兵后，迅速攻占居庸关、密云遵化、永平等地，占领北平外围，解除后顾之忧，然后从容与朝廷抗争。朱元璋建国后，大肆杀害开国功臣，使朝廷无能为力。建文帝不得不利用年近古稀的耿炳文命令他带领13万军队攻击燕子。八月，大军抵达河北省沱沱河地区。燕王趁其不备，先击败南伐先头部队，再在沱沱河北岸大败其主力。建文帝得知后，又任命曹国公李景隆为将，取代耿炳文。李景隆不懂用兵，注定了这场战斗的失败。九月，李景隆抵达德州，聚集耿炳文的残余兵力，并调度各兵马号50万大军驻扎在河涧。燕王朱棣以诱敌深入之计，在永平城外大败李景隆率领的军队。
1400年4月，李景隆会同郭英、吴杰等60万兵力进驻白沟河(今河北雄县北)。朱棣带领张玉、朱能、陈亨、丘福等10万人迎战。南伐军政令不同，导致主力不断受挫。李景隆撤退德州。燕军乘胜追。五月，李景隆又逃往济南。朱棣率军追赶不舍。济南守将誓死抵抗，朱迪带领军队长期进攻，然后撤退。李景隆连连败绩，建文帝罢免了他的职务，并派使议缓解压力，再以盛庸为将取代李景隆。九月，盛庸率军北伐，十月，进入沧州，被燕军击败。十二月，燕军驻扎在山东临清、大名、济宁，盛庸驻扎在东昌(今山东聊城)。燕军轻敌，被盛庸率军击败。
1401年2月，朱棣率军出击，多次获胜。然后，顺德、大名等地被攻占。虽然燕军屡战屡胜，但朝廷兵多势繁荣，燕军攻占的城市无法固守。此时，燕王得知南京空无一人，于是决定在1402年率军直接取金陵。四月，燕军连破何福，平定安师。五月，征服泗州、扬州。燕王拒绝了建文皇帝的使命和拒绝。六月，江防都督陈琏率水师降燕。燕军能渡江，攻打镇江，直接到南京。顾王朱和李景隆打开金川大门投降燕王。为明成祖，年号永乐，燕王进入京城即位。
当朱元璋分封诸藩王时，叶伯巨是如何劝诫的？
藩王的扩张势必威胁到中央政权。早在朱元璋分封诸王时，叶伯巨就提出，藩王势力过大，几代后就会出现尾大不掉的局面。到时候再削藩，恐怕会导致汉代的“七国之叛”、西晋八王之乱的悲剧。他建议明太祖要“节其都邑制，减其卫兵，限其疆土”。朱元璋不但没有采纳他的建议，反而把他放进监狱，囚禁至死。
为什么燕王朱棣起兵时以“清君侧之恶”的名义？朱元璋执政时，怕权臣夺权篡位，规定各藩王有权移文中央索取奸臣，举兵清君侧。在《皇明祖训》中，朱元璋有“朝无正臣，内有奸逆，必举兵朱讨，以清君侧”的训记。朱棣以此为由，指责齐泰、黄子澄为奸臣，建议讨伐，并声称自己的行动是“靖难”，即靖祸难。在靖难之战中，建文帝朱允缺乏战略，没有制定统一的作战计划。在任命军事统帅时，他犯了一个错误，导致军事指挥失败，最终被燕王打破。
叶伯巨曾劝朱元璋限制藩王，为何反而被投入大牢？