城市中人类密集的聚居会产生一个意想不到的后果，那就是疾病的流行和迅速蔓延。远程贸易的扩大也意味着疾病可能会从世界的一个角落传播到另一个角落，随着时间的推移，特别是航空客运出现后，形成大规模的疫情。
在特定的人群中，有些疾病只局限于一个地方。当地人习惯了他们，他们已经成为日常生活和死亡的一部分。但有时，一种外国疾病会突然流行起来，一旦它继续广泛传播，甚至跨越国界和大陆，它可能会演变成一场大瘟疫。这样的事件会对人类历史的进程产生巨大的影响。
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医学史学家似乎不喜欢对古代、中世纪或现代世界早期历史中描述的疾病进行可追溯性诊断。“瘟疫”已成为不同时期不同致命流行病的总称，如《旧约》中提到的瘟疫和公元前430-427年雅典发生的瘟疫。淋巴结鼠疫(由耶尔森氏菌引起的鼠疫，通过老鼠和跳蚤传播，其症状是腋窝和腹股沟出现淋巴结炎和黑色肿块)的第一次爆发是公元541-542年的查士丁尼瘟疫。疫情蔓延到整个地中海沿岸，造成约四分之一的人口死亡。它彻底埋葬了罗马帝国东山再起的希望。当时，尽管西罗马帝国在一个世纪前落入日耳曼部落，但东罗马皇帝查士丁尼已经走上了雄心勃勃的征服之路。瘟疫造成的混乱和破坏粉碎了他所有的统一梦想。
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来自亚洲的黑死病在14世纪杀死了欧洲约三分之一的人口。它可能是淋巴结肿大、肺炎和出血性鼠疫的混合性疾病。黑死病已成为欧洲社会、经济和知识史上的转折点。
由于严重缺乏农业劳动力，幸存下来的人需要更高的报酬。地主的镇压引发了农民的起义。许多人认为黑人死亡是上帝对信徒和教会的不满。因此，各种势力质疑教皇的权威，这导致了16世纪的宗教改革。
14世纪的黑死病通过热那亚商船从黑海传播到欧洲。在16世纪，欧洲在新世界的“发现之旅”也造成了类似的灾难（见此）。
亲爱的朋友们，你们在哪里？那些亲爱的脸，你在哪里？.....是什么样的风暴淹没了他们？是什么样的深渊吞噬了他们？我们曾经很经济，但现在我们只是一个人。
——意大利14世纪的诗人彼特拉克表达了黑死病幸存者的孤独
到了20世纪初，我们对疾病原因的认识发生了颠覆性革命，但这并不能阻止新流感的出现。尽管流感在几个世纪内不时发生，但1918-1919年席卷世界的“西班牙流感”仍然造成了前所未有的破坏。估计死亡人数从5000万到1亿，甚至比第一次世界大战还要多。与其他流感爆发不同，西班牙流感的大多数受害者都是20岁～这极大地影响了40岁之间的人口结构。现在有科学家认为，下一次大规模疫情爆发只是时间问题。
为什么古代疾病流行？对人类历史有什么影响？