当时有两派分别支持皇长子朱常洛和福王朱常迅(郑贵妃出生)争夺王位。朝廷大臣按照明朝长子为王子的原则，大多数都有皇帝的长子朱常洛。然而，明神宗并不喜欢公主所生的长子，而是加倍宠爱郑皇贵妃，并打算立其子皇三子朱常迅为王子，但大臣和慈圣皇太后强烈反对。明神宗与群臣争论了15年。朱常洛直到万历二十九年(1601年)才被封为王子，而朱常迅则被封为福王。但福王迟迟不离京就任藩王。李太后直到万历四十二年(1614年)去世，舆论对郑贵妃不利后，福王才离开京就藩，王子朱常洛的地位也因此稳定。到目前为止，争吵已经持续了15年，无数大臣被责骂、贬低和殴打。明神宗身心疲惫，郑贵妃郁郁寡欢，整个帝国不安的“国家之争”已经结束。
为国家而战的官僚大多是后来的东林党人，所以这是东林党之争的另一个内容。国家之争使明神宗悲痛欲绝。他觉得虽然自己是皇帝，但最终还是被大臣们控制住了。最后，他和大臣们分手了，逐渐对政府失去了兴趣，开始怠慢政府。
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过程
朝臣们支持王子
有传言说，神宗和郑贵妃去高玄殿祈祷神盟誓，会见朱常勋为王子，并将誓言封在玉箱里，由郑贵妃保管。明朝神宗的承诺违反了祖先制度和封建礼仪制度，必然会造成重大的政治危机。
受谣言影响，朝中大臣建议尽快将皇长子朱常洛登记为王子，以打破谣言。他们争先恐后地提起皇储问题，奏折累计上百，都指责后宫干政，言语之间矛头指向郑皇贵妃。 朱常迅出生前，万历十四年(1586年)首辅申时行上疏，列举了明英宗两岁、明孝宗六岁被立皇太子为例，要求立皇长子朱常洛为太子。明神宗不愿意把自己不喜欢的女人生的儿子作为皇位的合法继承人，于是以皇长子还小为借口，等两三年后再举行。朱常洛5岁时，公主还没有被封，而朱常迅刚出生，郑贵妃就被封为公主，这不禁让那些长期怀疑万历的大臣怀疑万历会被废除。他们不想因为这件事的让步而被记录在历史上，让后人觉得朝中无忠爱国的人。
在登封郑贵妃的那一天，户科向事件中的姜应麟、外郎沈静等人纷纷请书立东宫。其中，姜应麟的措辞激烈，激怒了明神宗，把奏折扔在地上，对身边的宦官说:“为了东宫，科臣可以和我聊天！遂降旨：“贵妃敬奉勤劳，特加特封。立储自有长幼，姜应麟疑君卖直，可降极边杂职。” 因此贬姜应麟是大同广昌的典史。官员外郎沈静、刑部主事孙如法相继上言，均受到处罚。但自明神宗对姜应麟的处罚也指出，立太子一定会按长幼顺序登记。随后又有南北两京数十人上疏申救，明神宗虽然对此置之不理，我行我素，但心里却极为恼火。
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明神宗怠政
明神宗自封郑贵妃为皇贵妃引起群臣几乎一致反对以来，对临朝听政十分厌恶。此时，慈圣太后已经在慈宁宫中安度晚年。五更时，她不再到万历住所喊“皇帝起来”，并带着它上了法庭。张居正死了，冯宝被贬。被称为“和事佬”的当权人首辅申时行，一次又一次地迁就皇帝，抱着明神宗有一天会意识到的幻想。这样，明神宗逐渐沉迷于六宫之间的美丽。
从那以后，大臣们仍然要求成立皇长子朱常洛为王子，并在万历十八年(1590年)集体要求成立，杜门请辞，向明神宗施加压力。明神宗不得不推到万历十九年，或者王子十五岁的时候，然后推荐延长到万历二十年春。明年8月，工部张有德建议开工准备，但明神宗以不准奏扰为由罚禄三月。首辅申时行与大臣等人上疏反对，明神宗大怒，但申时行又暗中表示辩白。此事曝光后，申时行名誉扫地，被弹劾后不得不辞职回家。
既然大臣敢于攻击明神宗的隐私，那么明神宗周围的宦官就不再为向外庭传递一些秘密而感到不安。明神宗日常生活放纵的消息不断传出，皇帝以“头晕”为由不时举行早朝，大臣们又发起了新一轮的“攻击”。明神宗被激怒，大臣们要么被辞职，要么被廷杖。上疏干涉皇帝“私生活”的礼部尚书洪乃春被拖到午门外的廷杖60，然后削职为民，最后愤怒地死去。大臣们要么被辞职，要么被廷杖。
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并封三王之礼
万历二十一年(1593年)正月二十二日，大学士王锡爵密奏明神宗。对此，明神宗发了一封信说:“我们应该把长子朱常洛、三子朱常迅、五子朱常浩封为王，然后选择其中的好人为王子。王锡爵既怕得罪明明神宗，又怕被朝臣攻击，于是上疏请皇后抚养长子，这样长子就是直子。然而，明神宗只是以前指示朝臣，继续准备行三王并封之礼，顿时朝中大哗。王锡爵这么说，意味着明指朱常洛还需要办理手续，质疑朱常洛当王子的合法性。因此，大臣们指责王锡爵奉承王锡爵，王锡爵别无选择，只能自劾请辞，明神宗也被迫通过众议收回了前世。
国本之争持续了15年。具体经历是什么？