正德五年八月，张永班师回朝，护送18人到达京师，皇帝在东安门举行献俘仪式。仪式结束后，皇帝设宴慰问张永、刘瑾、马永成。刘瑾撤退后，张永向皇帝揭发刘瑾谋反，从袖子里拿出奏疏，列举十七件违法事件。已经醉了的皇帝问:这个奴才真的负我了？张勇回应说：这件事不能耽误事机，否则奴才粉身碎骨，陛下也无处安身。马永成敲边鼓，支持张永。皇帝终于下定决心逮捕刘瑾。
那天晚上，刘瑾留在宫里的值班室里，听到外面的噪音，喝酒问：谁！外面回答：皇帝有旨。刘瑾穿着蓝色蟒蛇的衣服出来，立即被士兵捆绑，押送到东华门外的一家蔬菜厂。皇帝怀念旧情，不想杀了他。他只是宣布刘瑾去凤阳闲逛。鉴于朝野盛传刘瑾贪污、浪费法律和财富，皇帝命令“没有国籍”——没收其全部财产。
刘瑾的财产令人震惊。王世贞在他的作品中说，刘瑾有1200万黄金，25958万白银。《宪章录》、这句话沿用了《皇明通纪》。《明史纪事本末》大概也是这样说的，具体如下:金元宝24万锭(一锭502)，零碎金57800两；银元宝500万锭，零碎银1583600两。夏羲在《明通鉴》中对此进行了研究，认为金银数字过于夸张，不可信：“恐怕当时的谣言是这样的，也许没有这样的数字。他用比较含糊的说法说：“金银累计数百万。这不包括珍珠、玉器、文物、书画。皇帝最关心的不是这些财产，而是从他家里查抄的两把锋利的匕首，比如衣服、玉带、战斗、弩等违禁物品，尤其是从不离开手的扇子。皇帝朱厚照勃然大怒，没想到整天在他身边闲逛的奴才竟然拿着凶器，显然心怀恶意，不禁吐出三个字：“奴果反！“——这个奴才真的有叛逆的心，下令把刘瑾关进监狱。
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一时间，舆论风起云涌。在以谢讷为首的六科给事中，以贺泰为首的十三道御史共同揭露了刘瑾十九条罪状，并要求皇帝立即明正典刑。皇帝批准了这一请求，命令三法司(刑部、大理寺、都察院)与锦衣卫会同有关部门官员，在午门外审讯刘瑾。主持审讯的刑部尚书面对前“立地皇帝”，紧张得不敢说话。刘瑾气势汹汹地喊道：满朝公卿多出于我的门下，谁敢审问我？审讯员们一个个避开他凶狠的目光，沉默不语。这时，徐都尉蔡震挺身而出：我是皇亲国戚，不出于你的门，敢于审问你。蔡震问他为什么藏兵器。为了保卫皇帝，刘瑾辩护。蔡震问，为什么藏在家里？刘瑾无言以对。
以“反叛”罪定案后，皇帝下令：不必复奏，凌迟处决，三天后割首级，并将审讯记录和处决图像向全国公布。
刘瑾罪有应得，死有余辜，但被定为“反叛”罪，似乎有点牵强。野史传闻，他竟有“篡位”的图谋。刘瑾和张彩的密谋是最生动的。有一天，刘瑾和亲信、官部尚书张彩聊天，竟然痛哭流涕地说：此前，顾大用、张勇等人，担心被外廷大臣攻击，推我为首。我偏袒世界，摧毁了大量的绅士。世界上所有的怨恨都集中在我身上。我不知道未来会发生什么。张彩平静静地对他说：现在皇帝没有儿子，必然会登记宗族家庭的孩子。如果他是一个老而聪明的人，他的岳父就会受苦。最好帮助那些年轻的弱者，他的岳父可以保持财富和财富。刘瑾表示赞赏。几天后，他突然改变主意，对张彩说：不必有立宗室的子弟，我自立为帝。张彩期认为不可能。刘瑾怒不可遏，拿起茶碗向张彩扔去，张彩不敢再劝阻了。
刘瑾死后，张彩作为同谋被捕入狱，却大喊冤枉:“皇天后土，太祖太宗，可鉴其心。”眼睛清晰的人一眼就能知道，这种“天知地知，你知我知”的事情，随着张彩在狱中的死亡，已经没有对证，其可信度是相当值得怀疑的。
虽然主犯死了，但很难消除在政治上横行五年的流毒。朱厚照皇帝只想除掉一个“反叛”太监，不想改弦更张。张永也不想把攻击面扩大得太多，以免让自己陷入尴尬境地。演讲者们弹劾了为刘瑾摇旗呐喊的文武大臣。张勇把他带到左顺门，向演讲者打招呼:刘瑾专权的时候，我们这一代人都不敢说话，更别说文武两班的官员了！现在只追究刘瑾一人之罪，以后不要再写这样的奏疏了。
内阁大学士焦芳、刘宇、曹元、户部尚书刘鸡、兵部侍郎陈震等之前为老虎工作过的陈震，只是为了人民而被削职。相对于张死狱后“死在城里”(街上尸体千刀万割)，罪恶极大的焦芳父子能活到死，反差很大，但也就不足为奇了。
刘瑾摔倒了，张勇取而代之的是，太监专权的局面没有改变。《明通鉴》说得好:“虽然金受到惩罚，但张勇用事，政府还在。魏斌、马永成等人擅自窃取威柄，阁部依然收敛。”正德朝的腐败政局没有根本改变。
解密权阉刘瑾倒台之谜：刘瑾为什么倒台？