所谓书吏，是中央和地方衙门专门负责文件处理和档案收存的人的总称。他们大多是科举落后的知识分子，虽然没有官名，但却行使着官员的部分职权。晚年，康熙帝“政宽事省”“无为而治”。许多官僚作风作福，腐化无知，忽视政治事务，只依靠幕友和书籍官员工作，导致官员治废弃败坏。衙门书籍官员“人多猥亵，例罕完善，甚至诬蔑、贿赂写作”（张学成的《文史通义》）。雍正帝曾尖锐地指出，官衙书吏“一尘不染，只有一两个人”(《清代宗实录》)严重败坏和妨碍了国家行政。因此，他即位后，对部院衙门书吏进行了全面清理整肃。
命令除去“部费”
“部费”是中央部院书记公开向地方政府索要各种小费的俗称，上下皆知，公然行之。以兵部为例。据档案记载，只有陕西兴汉镇(现隶属于安康市)的兵丁，每年要摊派3002元，作为部门工作的目的。其中，庆祝表和纸条每年送402元，每年送242元。
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雍正帝得知这一情况后，于雍正八年(1730)三月颁布了一项指令，指出兴汉一处如此，各省必须与此相类；兵部书吏如此，其他部院衙门收费的人肯定很多。“这一切内外胥吏等相互串通，巧立名色，借端科派，以饱私囊。"""通知各省营伍，若有这样的不良规定，即严行禁革。比如部科书籍的官员还需要之前的搜索，或者故意在文移书籍中搜索，与管大臣等具折参演。"(雍正朝汉文旨汇编)
严禁要求勒索
刑部衙门专司刑名，人命至关重要，“部中奸滑胥役，能操纵其事，暗暗招摇”。收到好处费的，援引轻例，有的甚至压制了当地督察的补充参考文件，暗中潜消其案，求大事化小事化；如果没有收到好处费，督察虽然声明情有可原，但应该宽免，但他的胥役依然欺隐蒙混，不允许邀请。这样，刑部旭役几乎控制了此类补参案件，其标准是能否宽免，取决于是否收到好处费。为了根除这一腐败弊端，雍正帝颁布了一项指令：在随后的三法司会议案件中，任何行使补充参与者，督察咨文到部，在他或她或她或她或她或她或她或她之后，他命令刑部知道如何画题衙门并公开刷卷。“这样，胥役就不能上下手了。”。(《雍正汉文旨汇编》)
关于刑事部书记的勒索和欺诈，雍正11年3月17日，耿大烈在雍正11年3月17日的奏折中表示，充军流放人犯可以赎罪的，刑事部发现犯罪情由奏闻，请命决定。然而，刑事部“非法书籍敢于随意作奸，或者说有费、批有费，以及查处原案件的后续，尽一切可能勒索勒索”(《雍正汉文朱批奏汇编》)。根据耿大烈的演奏，雍正帝指示刑部各官“严禁书吏，不得借端需要”。
官员不得主稿
书籍作弊，还经常在援引案件上写文章。清朝的刑罚，律无明文的多比旧案。由于案件多变，办案人员可以随意比较，也可以推卸责任，因此书籍官员往往从私利出发，断章取义。根据蒋良琪的《东华录》，雍正朝刑部书官在查阅文件档案提供案例时，“往往删除前后文字，只摘中间数字，即断罪承之。求其似乎比较定议者，或者避轻就重，或者避重就轻，高下其手，从此开始。
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针对这种情弊，雍正11年3月，刑部右侍郎觉河图具折指出，刑部衙门责任重大，所有“稿件”都应由司员主稿，不得假手书吏，造成弊端。在办案的实际过程中，司员往往会酌定主意，而叙事成文则是出于书员之手，导致书员舞文作弊，作奸犯科。为此，觉河图奏请：“后来各司一应档案，仍让各司主事检查”，满汉各官“亲自主稿”。(《宫中档雍正朝奏折》)雍正帝对此表示赞同，并按其要求执行。
严禁增删案卷
清初，各部院衙门司官升职调动时，一般在案卷封面上注明司官姓名，接缝处或标有“封”字，或使用司印，无统一规定。制度上的漏洞为负责案卷的书记徇私舞弊提供了机会，案卷的增删经常发生。
元年三月，雍正帝颁布了各部院衙门：“虽然封禁严格，但阅读正确，但不能脱离书籍和官员的手，窃取文字，改变字迹，充满弊端。后来，司官迁移，将卷案新旧交盘，各有甘结，说堂存案。一个月后，雍正帝进一步指示：各衙门案卷，“有添写处，也有堂印。并设置印簿，开明年月，用印数，用印司官姓名。这样，就没有搬迁的弊端，档案也可以按簿查。各衙门一体遵守”。(雍正朝汉文旨汇编)这一命令严格限制了档案管理人员的制度层面。
禁止书吏送礼
雍正帝认为，书籍官员“狡猾，或以小忠小信追求官员，得到他的青睐”。为此，他严禁各部门的书籍官员向堂官赠送礼物。
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雍正十年九月二十六日，雍正召见各部尚书、侍郎，当面指出：“部院事务，每一个衙门的堂官都被司官书吏蒙蔽了双眼，无法尽知。“与此同时，还有人说，为了爬上去，各部院的司官和书官经常给堂官送礼。他说:“即使没有太多的反馈，一旦被接受，也不会被举劾，也不会被视为偏袒。如果其人是可以举的，而曾经接受过馈遗的人，虽然公私，但却转滋物议；如果一个不堪忍受的人因为平日的反馈而感到尴尬，或者阿姨容留，或者滥行推荐，会耽误公务，违反国家澄清官治的仪式。因此，雍正帝明确禁止部院长接受司官书吏的馈赠。
禁止长期工作
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雍正帝注意到，在各部院工作的书籍长期在衙门和首都建立关系网，容易徇私舞弊。为此，他规定部院衙门的书籍和官员必须每五年更换一次，期满后不得留下来。
上有禁令，下有对策。书籍官员不能继续留在本衙门，“服役后，每次改名，跳进别部，舞文作弊”。有的则“盘踞都中，呼朋引类，遇事生风，影射撞骗，无所不为”。有鉴于此，雍正帝多次颁发诏书，查拿此类书籍。他命令“都察院对五个城市官员进行严格的调查和逮捕，他们有潜伏的北京大师和附属的京州县，当地官员将被视为疏忽。能拿到的人，以名数分别议叙”，“严禁缺主、挂名、冒籍、顶替”的徒弟混为官衙书吏。由于雍正帝对中央机关书吏的大力整顿，“奸徒渐知敛痕，部务整齐”。乾隆皇帝登基后，还特意重申，遵循父亲管制书籍的方法。
清朝雍正皇帝对书籍下达了最严格的整改令：禁止勒索和送礼